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地衣型真菌的绝大多数属于子囊菌。子囊菌是真菌界最大的门类,在迄今已经描述的近8万种真菌中一半以上属于子囊菌,其中三分之一的子囊菌为地衣型真菌。前人的研究显示,地衣型子囊菌如此丰富的物种多样性,在演化生物学上可能有两个因为:(1)地衣型子囊菌的基因组演化速率快于非地衣型子囊菌,亦即前者的物种多样化速率快于后者；(2)子囊菌的祖先为地衣型真菌,亦即地衣型子囊菌的发生和分化早于非地衣型子囊菌。
本论文应用统计学方法分析了数百种地衣型非地衣型子囊菌的SSU nrDNA、LSUnrDNA和RPB2数据,以及子囊菌、担子菌、毛霉亚门、和壶菌门的数十种来自EST文库和基因组的蛋白质数据,结果表明地衣型菌藻共生确实对子囊菌的演化产生了影响,但是仅限于个别基因,如nrDNA演化速率加快,RPB2演化速率减慢。这可能是由于地衣/非地衣的转变致使特定功能基因所承受选择压力的变化造成的。然而,地衣化并没有导致地衣共生菌整个基因组演化速率的变化。真菌基因组的演化速率与其生活方式(地衣/非地衣；水生/陆生)不具有相关性,而更可能是由真菌本身的内部因为决定的。此外,基因组和EST文库数据显示,子囊菌演化速率>担子菌>壶菌>毛霉亚门。子囊菌的基因组演化速率显著快于其他真菌门类,可能是子囊菌门成为真菌界最大类群的重要因为之一。
基于数十种蛋白质数据的保守推测,陆生真菌分化于10.1～11.1亿年前,子囊菌分化于7.9～8.6亿年前,盘菌亚门分化于约5亿年前,现代散囊菌和粪壳菌都分化于3亿多年前的石炭纪。陆生真菌和子囊菌的分化明显早于植物登陆,说明真菌很可能是以菌藻共生的方式登陆的,子囊菌的祖先亦可能是地农型真菌。而盘菌亚门的分化可能与植物登陆相关。基于SSU、LSU nrDNA,以及RPB1+RPB2数据,推测茶渍纲地衣同样分化于石炭纪。说明现代子囊菌类群的发生可能与石炭纪的植物界大繁荣以及气候分界相关。由于现代地衣种类多数属于茶渍纲子囊菌,即多数现代地衣型子囊菌的发生并不早于现代非地衣型子囊菌。因此,即使子囊菌的祖先可能为地衣型真菌,但是今天地衣型子囊菌丰富的物种多样性与子囊菌地衣发生时间的早晚关系不大。
亦即,现代地衣型子囊菌丰富的物种多样性与其基因组演化速率,及其发生时间关系不大。地衣超强的生存适应能力可能是造成该现象的主要因为。