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哈密瓜细菌性果斑病菌（Acidovorax avenae subsp．citrulli）是西瓜、甜瓜、哈密瓜等葫芦科植物上的一种重要的病原细菌。近年来果斑病的发生趋势有所上升，对我国哈密瓜生长造成严重威胁。哈密瓜果斑病为典型的种传细菌病害，因此种子检疫成为防治此病害的重要手段。本研究建立了一套快速、准确、灵敏的检测方法，用于检测哈密瓜种子携带的病原细菌。并利用BOX-PCR技术对果斑病菌进行了遗传多样性分析。本研究将hrp基因作为检测靶标，根据hrpB2基因设计了一对特异性引物HB2F2／HB2R2，用此特异引物可以从哈密瓜细菌性果斑菌株中扩增出290bp的特异性片断，而其余参试菌株和哈密瓜组织的PCR反应结果为阴性，灵敏度试验证明可以检测到目标菌体的浓度为102CFU。用特异性引物对哈密瓜带菌种子浸出液进行PCR检测，结果可发现目的菌的存在。该实验首次将hrp基因做为靶标，为快速检测病原菌提供了新的方向。采用BOX-PCR技术，对新疆、宁夏、美国等的64个哈密瓜果斑病菌进行遗传多样性分析，并与其它7种病原细菌进行比较。在相似率达80％时，BOX-PCR将71个参试菌株分成了7个组群，哈密瓜果斑病菌归于1、2组群，证明哈密瓜果斑病菌与嗜酸菌属（Acidovorax）亲缘关系近，与其它属细菌关系较远。在相似率达90％时，BOX-PCR技术将64个果斑菌株分为5个组群，新疆、宁夏地区的菌株亲缘关系非常近，并与国外的菌株亲缘关系较远。对64个果斑菌株的铜敏感性进行测定，85．9％的（55／64）菌株对铜离子（CuSO4）表现为不敏感，即能够在含1．25mM的CuSO4的NA平板上生长，14．1％（9／64）的菌株对铜离子表现为敏感。2001年分离的果斑病菌有69．6％（16／23）的菌株对铜离子表现为不敏感，30．4％（7／23）的菌株对铜离子表现为敏感；而2006年分离的34个菌株全部表现为对铜离子不敏感，这表明哈密瓜果斑病菌对铜制剂的抗性频率上升。