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H9N2亚型禽流感是由H9N2亚型禽流感病毒引起的多种动物易感的传染病。自1994年于中国首次分离起，该疾病对中国的畜牧业造成了严重的经济损失。由于该病毒能直接感染人以及禽流感易发生不同毒株病毒之间的重组，使得对该病毒长期的分子流行病学调查和相关的研究同时具有重要的经济意义和公共卫生学意义。
本研究从2008年2月至2011年2月对南方各省家禽养殖场152份疑似H9N2亚型禽流感的患病和死亡家禽的病料处理后，通过接种9-10日龄SPF鸡胚的方法进行病原分离，并通过HA、HI和NA2亚型基因特异性引物进行RT-PCR方法，分离和鉴定出了78分H9N2亚型禽流感病毒。这78株病毒分别分离与中国南方10省，占据中国南方大部分地区。其中，流行规模较大的有江苏和浙江为代表的华东地区，本研究共分离到25株，广东地区共分离到29株。按分离年份统计，不同年份分离率差异较大。按分离月份统计，可以将疾病爆发循环划分为4个时期：平静期(6月至10月)、窗口期(11月、12月)、爆发期(1月、2月)、恢复期(3月至5月)。
根据Genebank中H9N2亚型禽流感病毒基因库，设计8对针对H9N2亚型禽流感病毒8个基因片段的特阴性引物。对所有毒株HA基因和8个毒株其余7个基因进行RT-PCR扩增、pMD-19T载体克隆、测序并使用MEGA4.0软件对所得到的基因核苷酸序列以及参考序列构建进化树。进化树表明，所有流行毒株均属于H9.4.2分支，所有流行毒株可以分别归属为7个亚分支，其中1-5亚分支是Y280株的旁系分支，6、7亚分支是Y280株的直系分支。本研究中所有毒株HA基因开放阅读框(ORF)全长为1683bp，编码560个氨基酸。疫苗株SS94株HA基因与测序毒株HA基因核苷酸的相似性在91.9％至95.7%之间，疫苗株F株HA基因与测序毒株HA基因核苷酸相似性在90.4%至93.7%之间。本研究测序的104株H9N2禽流感病毒在裂解位点附近序列一共有4种形式：PSKSSR↓ GLF、PAKSSR↓ GLF、PSRSSR↓ GLF、PARSSR↓GLF。这4种形式的裂解位点都没有连续碱性氨基酸的插入，符合低致病性禽流感的分子特征。
对8个代表株全基因学列重组分析表明，共分为5个重组基因型。其中GX-G8-09株属于基因O型，该型于2007年首次分离。其他7株病毒分别属于4个全新的不同的重组型，根据之前报道的惯例和连续性，分别命名为R型(CK-ZJ-SJL-09、CK-JS-Q3-10、CK-ZJ-Q1D4-10)、S型(CK-SC-G2-09)、T型(CK-SC-G3-09、CK-GD-G7-09)和U型(CK-FJ-G9-09)。重组基因型演化分析表明，自2007年起以F98株为基础的重组型突然增多并呈现出越来越复杂的重组趋势。
本文通过对感染SJL株的SPF鸡咽拭子和泄殖腔拭子H9N2亚型禽流感病毒进行实时荧光定量PCR检测表明，肌肉注射和点眼滴鼻两种不同攻毒方式会影响被感染鸡排毒持续时间和排毒高峰时间。并且咽拭子中的病毒含量远高于肛拭子中病毒的含量。