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为理顺税费关系，规范政府收费，我国很早就确定了以“费改税”为目的的燃油税开征方案，但是由于多种原因，一直未曾付诸实施。随着我国石油消耗量快速增长导致能源安全问题日趋重要，汽车保有量的大幅增长加剧了能源消耗带来的环境保护问题的严峻性，为此，燃油税也正向促进节能减排的公共政策转变。在这种背景下，燃油税政策越来越受到国内外的关注，但不断攀升的油价使得我国多年来难以实施燃油税费改革。在国际油价于2008年下半年开始大幅下滑以后，国务院大力推动成品油价税费改革，我国于2009年1月1日实施了提高现行成品油消费税单位税额的燃油税开征方案，但由于此次出台时间较短，一些配套政策还未准备妥当，对燃油税开征的诸多影响、存在的深层次问题还未进行深入研究。在燃油税开征后，对燃油税征收的深层次问题进行研究具有紧迫性：(1)燃油税开征方案亟待完善，尤其是此番开征燃油税以后对诸多成品油税目都进行征收，无疑将加重相关行业负担，同时，对显性化的道路乱收费、农民群体补贴等诸多问题都亟待尽快解决。(2)由于开征燃油税将带来一些深层次问题，如和油价挂钩导致在低油价时能尽快推出但在将来国际油价走高时可能带来一些问题、道路收费方式变迁存在问题、诸多燃油税税种的优化等问题也有待进行前瞻性研究，以便尽早应对。为此，本文在综述燃油税相关文献的基础上，从分析燃油税开征的理论基础着手，分析燃油税费改革的制度变迁过程，分别按照税制设计和税收要素的分析框架对燃油税方案进行了分析和评价，并运用CGE模型对实施燃油税的税率方案效果进行了评估，在深入分析燃油税征收存在问题的基础上，提出了完善燃油税费改革的政策建议和长远的调整思路。
全文共分九章：
第一章，导论。阐述论文选题的背景，研究的实践意义及理论意义，界定研究对象，确定研究思路和研究方法。
第二章，文献综述。以现有文献为基础，针对待研究的问题，围绕燃油税的定义、国外燃油税实施情况、我国开征燃油税的必要性和障碍、燃油税方案研究、燃油税实施方案（即成品油税费改革）评价以及燃油税的影响来进行文献综述和评价。
第三章，开征燃油税的必要性：外部性理论分析的视角。运用外部性的相关理论，在比较外部性内部化的主要政策工具基础上，分析选择征收燃油税作为外部性内部化措施的原因及其作用机理。
第四章，燃油税方案设计：税收分析的理论视角。运用课税理论阐述燃油税方案设计中征税对象的选择，并研究燃油税的设计原则、需求弹性，分析其课税的经济影响，从而为燃油税方案提供评价基础。
第五章，中国燃油税费改革的制度变迁分析。运用新制度经济学的制度变迁理论分析我国的燃油税费改革，即从原先的向车主征收固定的养路费向车用燃油征收制度转变的道路收费制度的变迁，分析燃油税费改革变迁的动因及其过程。
第六章，中国燃油税实施方案评价：基于税收要素的分析。在对国外燃油税费政策进行国际比较的基础上，按照税收要素的分析框架，对2009年开始实施的成品油税费改革方案进行评价。
第七章，我国燃油税开征的效果评估。评价费改税效果，并运用CGE模型从GDP、燃油消耗量等方面模拟分析2009年实施的成品油税费改革的税率方案的实施效果。
第八章，中国燃油税费改革难点问题。针对成品油税费改革实施中的当前以及长远问题、燃油税与成品油价形成机制、道路收费方式、汽车税收制度的关系及燃油税的职能定位等深层次问题进行重点研究。
第九章，完善燃油税费改革的政策建议。结合燃油税实施面临的问题，针对当前存在的问题提出解决措施，针对深层次难点问题提出完善燃油税改革的长远调整思路。
针对此次成品油税费改革方案的二级公路逐步取消、征收环节调整、中央地方税收收入分配权限、配套措施诸多当前存在的问题，提出了以下五条建议：
第一，清理整顿道路乱收费。各地明确取消二级收费站的时间表并尽快实施。各地区、各部门要清理取消现行不合理的道路收费，取消不合法和不合理的收费项目，坚决打击原有收费公路借成品油价税费改革时机提高原有收费标准的行为。
第二，适时将征收环节调至批发环节（可在最后一级批发环节）征收，并改为价外征收。
第三，分析燃油税实施的影响，不断完善补贴或返还措施。对农民、低收入群体、受影响较大行业给予一定的补贴，并抓紧制定实施方案和具体的补助政策。
第四，加强成品油市场监管。加强对免税油的监管。对炼油企业、批发企业、汽油经销企业加强监管，定期和不定期对其油品进行检查。打击油品走私和假冒伪劣等，维护市场秩序。
第五，定期评估成品油价税费改革的实施情况，并作为完善燃油税政策的基础。
针对此次成品油税费改革后带来的成品油价格形成机制和燃油税、燃油税与道路收费方式、兼顾节能环保和筹集道路收费资金的职能冲突、对燃油课税仍不尽科学等深层次问题，提出了如下长远调整思路：
第一，改革完善道路税费体系。中央、地方均加大对道路建设和维护的财政投入。出台新的车辆购置税方案，根据车辆对道路的损害程度进行收费，筹集国道、省道等道路建设的资金。改进高速公路收费。加强对道路所有权的管理。通过建立科学的收费体系，在以税费收入作为道路建设资金来源的同时加大财政投入力度，适当发展高速收费公路，并逐步减少收费公路占公路总里程的比例，最终使得基础设施建设与经济社会发展需求相适应。
第二，完善成品油定价机制，规制垄断行为，加强成品油市场管理。
第三，建立更科学的燃油课税体系。通过对燃油课税制度进行改革，使得资源税根据资源状况征收，特别收益金等促成石油企业的利润合理化；依据燃料使用对环境的影响，对所有的燃料征收消费税，加大燃油消费税征税力度，起到促进资源节约的目的；开征燃油税作为“费改税”筹集道路养护资金的专门税种，对车用燃油进行征收，并调整到零售环节征收。