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国立科研机构是我国科教兴国战略和知识创新系统的重要组成部分和核心，面对快速增长的科研经费和日益复杂的创新活动，国立科研机构现行的财政科研项目预算管理制度存在的弊端和问题逐渐显露，极大地压抑了科研人员创新创造的活力，不利于科技资源的有效配置和保持效益。对预算制度进行改革是优化整个国家治理制度架构的突破口，对国立科研机构的科研项目预算制度进行深入研究可以见微知著，对未来的改革方向提供理论和方法的建议。 本论文在对国内外预算管理方面的文献和理论进行梳理的基础上，厘清了相关概念，总结了国立科研机构的科研活动特征，指出了其同时受到财政部门预算管理制度和科技主管部门项目管理制度双重约束的制度特点，明确了国立科研机构财政科研项目预算制度的建立基础应是在不违背科研活动客观规律的前提下保证财政资金的使用效益。论文重点对现行财政制度和科技制度之间，预算制度与科学规律之间的协调和冲突展开分析，揭示了宏观层面上的管理制度和管理过程中，微观层面上预算申请、预算执行、结题验收和结余处理环节中，由于制度缺陷而产生的各种问题。本文认为目前我国国立科研机构财政科研项目预算制度执行中最突出的现象在于过多的行政化干预造成的预算膨胀和寻租行为，以及在预算执行中过于严格的管控手段造成的效率低下和逆向激励。因此在充分吸取科技创新强国美国、德国、韩国三国经验做法的基础上，论文提出了彻底转变财政科技经费监管思路，将科研和管理的目标相统一，变“控制导向”为“结果导向”的解决方案。建立以结果为导向的项目预算制度的核心环节是以绩效为基准的考评体系的建立，本文主要采用了新公共管理理论中的“3E”理论将科研活动按“投入—过程—产出—结果”的流程进行分解，本着目的性、科学性和适用性的原则，参考现行财政和科技评价中常用的考核指标，进行了绩效指标的选取和框架构建。并以应用研究项目为例进行了实证分析，运用层次分析法确定权重并构建了评价体系，同时提出为完善结果导向预算制度架构需要进行的其他几项基础性工作。