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综合交通系统是由公路、铁路、航空、水路、管道运输这五个运输子系统构成的复杂系统。随着我国社会经济的飞速发展。对综合交通提出了更高的要求。各交通运输方式只有协调一致、相互衔接的构成一体化的综合交通体系，才能高效的服务于社会经济文化快速发展这个整体目标。这需要从治理的角度分析如何实现各种交通方式的协调与一体化；使他们之间的竞争关系转化为一种合作互补的协调关系，如何实现交通系统的整合，已成为现在重要的亟待解决的问题之一。 本文首先分析了国内外的研究现状，通过对治理理论，复杂适应性理论的学习。找到了解决多主体间协调问题的理论基础。其次以综合交通客运系统为主要研究对象，就综合客运外部与内部系统两方面进行进一步分析，指出社会经济系统对综合客运系统的重要影响，并就综合客运系统内部的各主体运输方式的经济特性对比分析，找出了各自的特性优势。最后分析了综合客运结构的需求与供给属性及技术结构特点。 本文通过仔细的分析，选取了综合客运的主要影响因素，构建了综合客运资源合理配置模型。并科学的对模型进行了相关标定。为验证模型的合理性，本文已京沪通道的多主体运输方式为例，分析了各运输方式的旅客分担率，由此判断资源配置的合理性。数据的分析结果表明在不同的运距下，不同的运输方式有不同的核心竞争力，方便性、安全性等影响因素也对旅客的分担率有很大的作用力。 本文经过对多主体运输方式协调的研究分析，找出了综合交通快速发展的瓶颈和制约，以及仍存在的问题，并提出了相关建议。有助于使交通设施的使用者有限考虑使用综合效率高的交通设施，最终达到各种交通协调发展，解决交通资源的合理配置，提高综合交通效率的问题。以换乘和无缝对接的服务形成最优的综合交通效率。