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本文选取2005年1月3日到2010年3月29日每日发布的上证综合指数、恒生指数的日收盘价作为初始研究数据，经过取对数且一阶差分后得到两地股指的对数收益率。首先，本文通过一般的描述性统计量初步分析了两地股市的波动性与关联性，并且采用单位根检验的方法验证了时间序列是否具有平稳性。随后，本文对整个样本期内两地股指的对数收益率分别建立了自回归条件异方差模型，分析两地股市在近五年内的波动情况。最后，本文将数据样本分为两个阶段，通过协整分析、格兰杰因果检验分析两阶段内两地股市是否存在长期均衡关系，并且通过对两阶段内两地股指的对数收益率建立向量自回归模型，利用脉冲响应函数和方差分解的方法，分析了两阶段内两地股市对外生冲击的反应，以及这种冲击对两地股市关联性的影响。经实证研究得到以下结论：1.两地股指的原始序列和对数序列都不能拒绝存在单位根的零假设，而两地股指的对数收益率拒绝存在单位根的零假设，这表明原始数据和对数数据的时间序列是非平稳序列，但是对数收益率时间序列是平稳序列，可以对两地股指的对数收益率序列进行接下来的波动性和关联性研究。2.两地股指的自回归条件异方差建模结果描述了两地股市近五年内的波动状况，发现两地股市都存在波动聚集和杠杆效应等波动特征，并且从2007年下半年至2008年上半年两地股市都出现了剧烈的波动，而整个样本期内中国内地股市相比香港股市波动更频繁。3.协整分析结果说明了两地股市在两阶段内都存在协整关系，即两阶段存在长期均衡的关联关系。格兰杰因果检验说明了，第一阶段内两地股市存在单向的格兰杰因果关系，上证综指是恒生指数的格兰杰原因；第二阶段内两地股市存在双向的格兰杰因果关系，上证综指与恒生指数互为对方的格兰杰原因。4.脉冲响应函数和方差分解结果说明了两阶段内两地股市对外生冲击反应迅速，而且对来自自身市场的冲击反应最为强烈，而对于来自对方市场的冲击反应较弱，但第二阶段内不论对自身市场冲击还是对对方市场冲击，两地股市的反应都比第一阶段有所提高。
综上所述，中国内地股市和香港股市都受到国际金融危机的影响，在2007年下半年至2008年上半年期间的波动情况相似，都出现了剧烈波动，股市风险增加。此外，上证综指与恒生指数在近五年内存在长期均衡关系和短期联动关系。在不同时间段内，两地股市彼此影响的方向和强度不同，对市场外生冲击的反应力度也不同。对两地股市波动性和关联性的研究，反映出不同经济环境和市场机制下两地股市的发展状况，对投资者构建投资组合以及中国内地证券市场开放化有一定的参考意义。