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目的：通过现场调研收集相关数据核算与分析乡村两级医疗机构公共卫生费用，从而分析某省公共卫生费用投入状况和补偿状况，剖析乡村两级医疗机构各公共卫生项目费用投入中存在的问题及其原因，根据核算数据提出相关建议，进而为政府出台并在原有的基础之上不断完善科学的公共卫生政策提供理论上的依据。 方法：通过理论研究、文献综述、现场调研和访谈等方法调查收集所需要的数据及资料，以某省的20余个乡镇卫生院及其所附属的村卫生室作为现场，利用卫生费用核算方法中的功能法对其进行乡村两级公共卫生费用的核算，并建立了乡村两级医疗机构费用筹资——功能矩阵平衡表，反映出全省乡村两级医疗机构公共卫生服务项目的费用分配情况。 结果：样本乡镇卫生院的公共卫生费用核算研究结果显示延河镇的公共卫生费用最高，苏家店镇最低，分别为105.32万元和33.97万元，村卫生室的研究结果显示延河镇平安村的公共卫生费用最高，悦来镇万生村最低，分别为19460.51元和10691.2元，全省乡村两级公共卫生总费用为5.98亿元，其中乡镇卫生院3.83亿元，占64.10％;村卫生室2.15亿元，占35.90％，乡镇卫生院的公共卫生费用支出是村卫生室支出近两倍，说明，乡镇卫生院在乡村两级公共卫生费用支出中占主导地位，是村卫生室的上级管理和指导机构，这与东北某省公共卫生费用乡村支出比例，6∶4的支出要求相近，比较符合乡村卫生的实际情况，不同乡镇卫生院和村卫生室的公共卫生费用差别较大，同时各公共卫生服务项目的费用分配情况亦有差别。 结论：项目实施过程中都存在薄弱环节，农村公共卫生政府投入较少，由于政府在公共卫生部门的投入变化不大，使得公共卫生项目投入过多地注重经济收益好的卫生服务，而忽略了经济收益差但社会效益好的卫生服务，不利于公共卫生事业发展的，乡村两级机构配套机制尚不完善，乡村两级的项目职责界定不够清晰、对项目职责及各项任务的认识存在分歧、不到位、信息沟通与共享不够充分，有关数据统计、上报、信息反馈和发布渠道不一，降低了信息收集、分析和反馈的效率，不利于项目的实施。