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城市是建设创新型国家的基础，在国家建设创新体系中起着主导作用。随着中国建设创新型国家重大战略的提出，建设创新型城市已经成为当前城市发展的首要目标之一。创新型城市是创新资源高度集聚的一种城市发展形态，是落实科学发展观、推动区域经济发展、提升城市综合实力的重要途径。随着城市经济社会各项事业的快速推进，建设创新型城市的内外部环境也发生了很大的变化，但传统思想及全能政府的观念仍在不同程度上影响和制约着创新型城市的建设。因此，如何有效转变政府职能、理顺体制关系，为创新型城市建设提供坚实的保障与支持就成为一项全新的课题。 建设创新型城市是一个城市获得可持续发展动力的关键所在。就厦门市而言，2010年底厦门市提出要致力打造“五个厦门”即创新厦门、宜居厦门、平安厦门、文明厦门和幸福厦门，将其作为城市发展的战略目标，其中创新厦门是关键;2011年厦门被评为全国10大创新型城市。厦门在创新型城市建设中已经打下坚实的基础，取得了初步的成效，正处于一个如何提升和跨越的关键时期，加强对创新型城市建设的理论研究显得尤为重要和迫切。 本文在系统总结国内外相关研究和实践的基础上，以厦门市创新型城市建设中的政府职能定位为研究对象和切入点，分析了厦门市在建设创新型城市建设中取得的初步成效和存在的问题，提出了有针对性的对策和建议，从而为更好地发挥政府在创新型城市建设中的主导作用提供充分的理论依据。