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近年来，随着科研事业单位改革的不断深化，科研事业单位的财务管理有了长足的发展，特别是全面预算管理方面。而作为管理会计重要组成部分的全面预算管理，是实质上的专门的管理控制系统，是一种内部管理控制的行之有效的方法，它主要通过预算的编制、预算的执行、预算的调控和预算的考评等等重要环节，动态地发挥着作用，属于一种内部控制系统的核心。在我国一部分企业己经实行了全面预算管理，并取得了一定的成效，但是在科研事业单位还没有形成一种氛围。我国近几年财政体制和科技体制改革的深化也带动了科研事业单位运行机制改革不断向纵深发展。由于面临的生存和发展的客观环境也发生了巨大的变化，科研事业单位也试着引入了竞争的机制，科研结构己由过去“纯科研型、封闭型”向“科研生产经营型、开放型”转变，并且不断从计划经济向市场经济迈进。在这种时代背景下，科研事业单位也面临越来越激烈的竞争环境，所追求的远景目标也由完成工作、获得科研成果奖转换为以科研为主，也要注重科研成果的转移转化，以获取一定的经济和社会效益。为了适应这些不断转变，提升竞争能力，科研事业单位也开始寻求各种各样不同的先进的管理方法，不断加强内部管理。科研事业单位引入的全面预算管理，是管理的方法、管理的思想、管理的原则及基本的理念上的根本转变。
逐步引入全面预算管理能够不断地促进科研事业单位为逐步追求自身长远发展目标的实现，通过开展全方位的全面预算管理工作，逐步规范了科研生产经营活动的行为，使组织结构和业务流程得以再造与整和，使资源配置更加趋于科学、更加合理。使科研生产经营活动中现金流、信息流、实物流得以同步控制，并且促进了管理重心的前移，使科研事业单位的经营决策和管理更加有效、更加系统化、更加科学化，同时也促进了整体管理水平得以不断提升。
本文着重阐述了科研事业单位全面预算管理的背景、意义及运行现状，提出科研事业单位在推行全面预算管理过程中存在的问题，通过对WHZWY研究所全面预算管理做法的分析，针对性地提出了全面预算管理应采取的对策，并且力图寻找一种有效实现科研事业单位资源优化组合和合理配置，提高单位经济效益和社会效益兼顾的先进而科学的全面预算管理方法，力求为科研单位如何做好全面预算管理提供有力的参考。