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随着我国转基因技术的不断发展，转基因作物产业化规模的不断扩大，转基因作物的种类和数量不断增加，转基因作物安全管理的任务将越来越繁重，尤其是非法释放到环境中的转基因产品时有发生，试验阶段转基因生物的安全监管工作将是我国转基因生物安全管理的重点和难点。在试验阶段转基因作物阳性样品非常有限的情况下，如何根据转基因作物本身的遗传信息研发出容易获取的、可大量生产的标准物质，以满足转基因作物安全监管工作的需求至关重要，转基因作物检测阳性质粒分子是满足我国当前需要的最优选择。本研究以处于试验阶段、尚未进入商业化应用、亟需研制标准物质的转基因作物为研究对象，建立相应的检测方法并制备适合这类作物的阳性质粒分子，来解决因无法大量获得这些转基因品种的基体阳性物质而难以进行转基因检测、监测的难题。本研究取得的创新结果有以下几个方面：1、建立4个检测方法。根据耐除草剂G2-aroA基因、真菌来源的植酸酶基因序列、转基因水稻T1c-19和T2A-15’端的转化体序列信息，通过引物设计与优化，Mg2+浓度、引物浓度、退火温度梯度优化，建立了G2-aroA基因和植酸酶基因，T1c-19和T2A-1事件特异性检测方法。结果表明检测方法均具有良好的特异性和灵敏度，灵敏度均能够达到0.1%，可以满足我国转基因成分定性检测对灵敏度的要求。2、构建了适用于6大作物（水稻、玉米、大豆、棉花、小麦和油菜）筛查用的内标准基因阳性质粒分子pBSEndogenous。根据国家标准中玉米内标基因zSSIIb、油菜内标基因HMGI/Y、小麦内标基因waxy-D1、水稻内标基因SPS、棉花内标基因Sad1和大豆内标准基因Lectin序列信息，构建了内标准基因特异性检测阳性质粒分子pBSEndogenous，实验结果表明，该质粒具有较好的特异性和检测灵敏度，能够用于内标准基因扩增的阳性对照。3、构建了7种基因特异性筛查检测的阳性质粒分子pBar、pPAT、pEPSPS（Mo）、pEPSPS（Na）、pG2-aroA、pCry1Ab/1Ac、pPhytase。将转基因检测中常用的筛查基因Bar、PAT、CP4-EPSPS（天然的）、CP4-EPSPS（修饰的）、G2-aroA、Cry1Ab/1Ac、Phytase克隆至质粒载体中，研制了7种基因特异性阳性质粒分子，实验结果表明这些质粒分子均具有很强的基因特异性，适合用于转基因作物中的基因鉴别。定性PCR检测灵敏度均能达到50拷贝μL-1，其中pG2-aroA检测极限能够达到10拷贝μL-1。4、研制了四种转基因作物（水稻、棉花、玉米、大豆）的12种转化事件特异性阳性质粒分子和2种构建特异性阳性质粒分子（pCV127-G和pBVLA430101-G）。其中pKF6、pM12、pT1c-19、pT2A-1、pKMD分别用于转基因水稻科丰6号、M12、T1c-19、T2A-1和克螟稻1号的检测；pEZM1、pNN98-7分别用于鄂杂棉1号、南农98-7的检测；pA2704-12、pA5547-127、pCV127-Z分别用于转基因大豆A2704-12、A5547-127、CV127的检测；pBVLA430101-Z、pMIR162分别用于转植酸酶玉米BVLA43010和MIR162的检测。实验表明这些质粒分子在定性PCR检测过程中，检测极限均能达到50拷贝μL-1，其中pM12、pEZM1、pMIR162、pCV127-G检测极限能够达到10拷贝μL-1。5、组织10家国内具有资质的检测机构对所构建的4个检测方法和研制的22种阳性质粒分子的适用性进行了验证，分别确定了21种阳性质粒分子应用的适用浓度。检测方法验证结果表明：所有检测方法特异性强，灵敏度高，能达到0.1%，并且检测结果均具有很好的可重复性和重现性。本论文研制的阳性质粒分子能够替代相应基体阳性材料，作为转基因检测中的阳性质控对照。6、运用本文的研究成果，对我国研发的三种转基因水稻科丰6号、克螟稻1号、TT51-1进行了筛查检测。结果表明本论文建立的阳性质粒分子适用于实际转基因检测。