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中国大陆和台湾地区的经贸合作自恢复以来，发展态势迅猛，2010年1月两岸签署了《海峡两岸经济合作框架协议》(ECFA)。与自由贸易协定(FTA)类似，ECFA能够减少签订国（或地区）之间的贸易及投资壁垒，有利于区域间经济合作和共同发展，这将促进两岸地区经济一体化进程。农产品贸易是两岸之间的重要贸易领域，也是倍受关注的领域，目前针对两岸地区农产品贸易的研究主要集中在对两岸农产品的互补性和竞争性，以及农业合作的具体模式的分析，对农产品产业内贸易水平和结构的分析很少，这与产业内贸易对区域经济一体化的重要性形成了鲜明对比。 产业内贸易不同于以传统的国际贸易理论为基础的产业间贸易，而是在规模经济和不完全竞争假设条件下，同种产品在两国（或地区）双向的流动。理论和经验研究证明，开展产业内贸易可以降低贸易自由化的调整成本，促进产业结构升级，实现比较优势的动态转化。因而在海峡两岸经贸关系新形势下，从产业内贸易的角度来研究农产品贸易，对推动两岸贸易自由化进程，以及通过贸易增加两岸同胞的福利水平具有重要意义。 本文坚持理论联系实际，首先在绪论部分对产业内贸易理论和已有的研究成果进行了综述，并对产业内贸易的概念和农产品范围进行了界定，发现前人研究成果中值得借鉴的部分和不足之处，找到作者需要研究的重点，确立了从产业内贸易的角度对两岸农产品贸易格局进行研究的路径。 第二部分对两岸农产品产业内贸易的水平和结构进行了衡量和分析。在HS商品分类方法下，测量了海峡两岸农产品的产业内贸易指数、Brüelhart边际产业内贸易指数、Thom& Mc Dowell垂直型和水平型产业内贸易指数，并结合贸易竞争力指数对农产品整体和各章产品进行了分析。研究表明两岸农产品整体产业内贸易水平不高，绝大多数农产品是以产业间贸易形式为主，但也有少部分农产品表现出明显的产业内贸易;在农产品产业内贸易中，垂直型产业内贸易的贡献比较大，海峡两岸在农产品领域存在着垂直分工;结合贸易竞争力指数的分析则表明在产业内贸易指数较高的农产品中，两岸均有具备比较优势的产品，大陆具有竞争力的产品种类多于台湾地区。 第三部分通过建立模型对影响两岸之间的农产品产业内贸易的因素进行了实证分析。根据已有的关于产业内贸易影响因素的研究成果和两岸之间开展农产品贸易的具体情况，选取了两岸市场规模、人均收入水平差距、台湾对大陆的直接投资、农产品贸易总额及贸易壁垒等五个变量构建计量模型，并利用1996-2010年的相关数据对解释变量进行了实证检验。结果表明:市场规模、两岸人均收入差距和农产品产业内贸易指数均呈正相关关系;两岸农产品贸易总额和产业内贸易水平呈负相关关系，自2002年两岸双方均成为WTO成员国后贸易壁垒的削减对农产品产业内贸易有一定的促进作用。 最后第四部分总结了两岸地区农产品产业内贸易的结论，并提出了相应的政策建议。本文认为两岸在农业合作方面，应有区分地进行产业间、产业内优势互补，提高国际竞争力;也应对台湾向大陆的直接投资进行合理引导;并大力发展农业技术，提高大陆农产品的质量和附加值;同时建议两岸加快对ECFA的落实和完善，来优化农产品产业内贸易的水平和结构，减少经济一体化中的阻力，扩大农产品贸易给两岸双方带来的贸易利益。