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传统中药通常是以“复方”作为入药形式,复方由多味药物组成,它们通常被结合在一起使用共同发挥药效,复方的药效不等同于单一的化合物,而是一个草药的药理学活性能够被其他草药所增强或其毒副作用被削弱,继而起到治疗疾病的目的。复方中这种协同增效的作用特点是中药药理机制研究中的重要层面,然而,因为中药复方的多药物、多成分、多靶点等的特点限制了用传统研究方法探索这种协同作用机制。本研究中,我们提出了一种基于系统学的方法——系统药理学,并将其应用于中药复方西红花方中三种具有代表性的中药中。这三味药包括两种动物香料和一种草药:即麝香、海狸香和西红花,这三种中药在治疗心血管疾病中具有显著疗效。首先,基于ADME评价系统和靶点预测模型,我们获得了这三味药的42个活性成分及其对应的66个靶点蛋白,然后,为了阐明动物香料和草药之间的协同作用机制,我们分别从分子水平、靶点水平、通路水平及组织器官水平系统地阐述了这三味药物对于心血管疾病的作用机制,为此,我们构建了化合物、靶点及心血管疾病及其通路之间的网络关系图谱,对他们之间的作用关系进行了阐述。结果表明,三种药物的不同化合物在心血管疾病中具有相似的治疗作用。另外,这三种中药具有心血管疾病相关的共同靶标(即多成分-单靶点),或者是功能多样性靶点具有临床症状相关性(即多个化合物-多个靶点-一种疾病),再者,这些靶点在很大程度上都能富集到同一个心血管相关通路中(即多个靶点-一条通路)。这些作用模式说明了为什么动物香料和草药能对心血管疾病产生药物协同作用,基于以上发现,我们对有关化合物进行分子对接,结果证实化合物和对应靶点具有高亲和力,进一步证实了这三种药物治疗心血管疾病的可靠性,从而为药物的开发提供了一种新的途径,以及为复方优化提供了研究思路和途径。