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甲胎蛋白(Alpha—fetoprotein，AFP)是哺乳动物胚胎发育时期主要的血清蛋白。AFP 基因是典型的发育和组织特异性表达基因，具有复杂的调节控制机制，研究表明，转录调控是其主要的调控方式。Chiu等人在AFP基因的5端调控区发现了一个新的转录调控元件—DAS DNA．序列。在维甲酸(Retinoic acid，RA)诱导小鼠畸胎瘤干细胞F9的分化过程中，DAP—Ⅱ蛋白作为RA诱导的早期反应蛋白，通过与DAP—Ⅰ竞争结合DAS元件，激活AFP基因的转录。 这是一种新的AFP基因表达调控方式，DAP—Ⅱ蛋白在其中起着非常重要的作用，鉴定DAP—Ⅱ蛋白对于揭示这种调控的分子机制具有重要意义。
本研究通过采用DNA亲和层析技术，首次从RA诱导的F9细胞中分离纯化出DAP—Ⅱ蛋白。SDS—PAGE电泳显示，纯化的DAP—Ⅱ由5种蛋白组成，经蛋白质双向电泳、MALDI-TOF—MS、蛋白质数据库搜索比对以及Westem blot验证，其中2种为AUF1蛋白家族的p45AUF1和p42AUF1异构体，1种AUF1类似蛋白，另1种分子量为30 kDa的蛋白，与蛋白数据库中小鼠AUF1-3序列高度同源，我们将其定名为新的AUF1异构体—p30AUF1。 EMSA、Southwestern blot和SDS—PAGE分析表明，p30AUF1是DAP—Ⅱ蛋白的主要成分，由RA诱导产生，其表达模式与DAP—Ⅱ蛋白活性变化模式相同，提示其在与结合DAS元件结合，调节AFP基因转录方面起重要作用，这是首次发现AUF1蛋白可以调解AFP基因的转录。 氨基酸序列比较分析表明，p30AUF1也是由AUF1基因编码，只是翻译起始位点与其它AUF1异构体不同，此外，p30AUF1还具有能与DNA分子结合的氨基酸序列。AUF1是公认的RNA结合蛋白，近来几家实验室发现AUF1可与DNA结合，我们的结果表明，AUF1可以与DAS DNA序列结合，在转录水平调控AFP基因的表达。
为研究RA诱导F9细胞分化过程中蛋白质的变化，我们对RA处理0、24、48和72小时(hr)F9细胞全蛋白的双向电泳凝胶图进行比较分析，通过MALDI-TOF—MS或ESI-MS/MS质谱和生物信息学技术的运用，鉴定出16个在此期间含量变化明显的蛋白。 这些蛋白包括代谢酶、HSP60类蛋白、RAN、hnRNPK、FUBP1、VDAC 1、STI1和prohibitin，涉及到细胞代谢、基因表达调控、应激反应以及凋亡等过程。在这些蛋白中，PURH、VDAC 1和STI13种蛋白尚未见有关在RA诱导细胞分化中的报导，此外，对这16种蛋白中的3种进行Western blot分析的结果表明，其变化趋势与双向电泳凝胶上的基本一致。这是首次运用比较蛋白质组学研究方法对RA诱导F9细胞分化过程中蛋白质的变化进行研究。