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本研究以简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记技术对我国的杏种质材料进行了遗传多样性检测和种间亲缘关系分析,以期为杏种质资源的收集、保存和利用以及系统分类研究提供依据。供试材料分为两组,第一组材料涵盖了杏属7个种:普通杏(P.vulgaris)、西伯利亚杏(P.sibirica)、辽杏(P.mandshurica)、臧杏(P.holosericea)、紫杏(P.dasycarpa)、李梅杏(P.limeixing)和梅(P.mume)；第二组包括60份来自我国各地的普通杏地方品种和6份国外品种。
用来自杏和扁桃的16对SSR多态性引物对第一组材料进行了PCR扩增及亲缘关系分析,研究结果显示,西伯利亚杏、辽杏、臧杏、紫杏、李梅杏及梅几个杏的主要种都与普通杏有较近的亲缘关系,可能这些种均起源于最原始的普通杏；李梅杏在形态上具有李和杏的双重特征,本研究结果显示出李梅杏与普通杏具有很高的相似性,但是个别材料的SSR聚类结果不好解释其来源,关于李梅杏的划分标准有待于进一步研究和探讨。
采用来自杏、扁桃和桃的25对SSR多态性引物对对第二组材料进行了PCR扩增,共检测出284个等位位点,每对引物的等位位点数在3到17之间,平均为11.36。通过NTSYS软件计算采用UPGMA法聚类分析和主坐标分析,可将66份材料分为5个组:川贵品种组、国外品种组、新疆品种组、东北品种组和华北品种组。根据SSR分子数据对普通杏的分组与根据生态类型的分类系统整体上一致,但是各生态地理群之间种质的渗透是复杂的,按照传统的生态类型划分并不能完全反映出各个杏品种间的亲缘关系。同时本研究还证实了扁桃基因组中开发出的SSR引物也适用于进行杏遗传多样性研究,但是不同的扁桃SSR引物在杏中扩增出的等位位点在多态性上差别较大,应用时有必要根据需要加以筛选。普通杏材料间得到的Dice相似系数为0.083～0.987,平均值为0.370,中国普通杏地方品种间的遗传相似系数差异很大,表明了我国作为杏的原产地,地方种质资源极其丰富。我国四川、贵州等地区可能存在特异性很高的杏种质资源,而这些种质资源并没有被其它地区所引种或利用,具有作为种质保存的价值,也有可能成为杏树新品种选育的可利用资源。