【摘 要】
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为了研究COP1和HY5在光调控拟南芥基因表达过程中的功能和相互作用,该研究利用含约9,000个EST微阵列芯片检测了它们的表达谱.该研究发现COP1在暗中调控的基因约占整个基因组
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为了研究COP1和HY5在光调控拟南芥基因表达过程中的功能和相互作用,该研究利用含约9,000个EST微阵列芯片检测了它们的表达谱.该研究发现COP1在暗中调控的基因约占整个基因组的20﹪.有意义的是,HY5在暗中调控的基因绝大多数被包括在COP1在暗中调控的基因,并且基因表达有着相似而又稍弱的表达模式.这个研究结果又一次证实了这样的假说,即作为光形态建成中的负调控因子起作用,其原理可能是通过降解转录因子从而间接调控转录因子的靶基因.为了分析转录因子-启动子在拟南芥中的相互作用,该研究构建了一套启动子微阵列芯片,并建立了用启动子芯片大规模鉴定转录因子靶基因的方法.构建启动子微阵列芯片包括了从拟南芥基因组数据库中抽取启动子序列,以及设计启动子区引物进行PCR扩增等过程.该研究建立了一个网络界面的引物选取程序,对于每一个基因选取多至10对引物,并将这些引物按合适程度排序.该研究选取了3800个基因肩动子区的引物,其中95﹪以上的启动子区被成功扩增.该研究对这些PCR产物进行了纯化,并用这些产物点制了拟南芥肩动子微阵列芯片.该研究用这个微阵列芯片研究了转录因子HY5的体外靶结合位点.该研究发现某些肩动子片断显示出很强的与HY5的相互作用,并且这个结果在不同的重复实验中是一致的.该研究用统计学方法分析了这些启动子片断,发现这些片断富集HY5保守结合序列.因此,此肩动子微阵列芯片将会是在高等植物基因组范围内大规模研究转录因子结合位点的一个很有用的工具.
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