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辣椒是新疆重要的经济作物，病毒病的不断发生是影响辣椒生产的重要因素。为了明确引起石河子地区辣椒表现茎干及顶端坏死症状的病原种类，利用蚕豆病毒属（Fabavirus）的兼并引物，通过RT-PCR对采自石河子表现茎干及顶端坏死的辣椒样品进行了分子检测。结果显示所有感病样品均获得大小400bp的特异性条带。选取分离物XJP1-1的RT-PCR产物进行克隆和测序，获得389个核苷酸序列，基因库检索表明，该序列与蚕豆萎蔫病毒2（BBWV2）基因组RNA1组分5，末端序列同源性很高，达到95.8%～99.2%。由此表明，感病辣椒被蚕豆萎蔫病毒2（BBWV2）侵染。根据已测序列及基因库中登录的序列，在保守区设计了5对引物对分离物XJP1-1基因组RNA1进行分段扩增。获得RNA1全长为5958个核苷酸（KC790225），与其它BBWV2的RNA1具有高的序列同源性，为95.8%～99.2%。根据基因库中登录的序列，又设计了4对引物对分离物XJP1-1基因组RNA2进行分段扩增。获得RNA2全长为3616个核苷酸（HQ283390），与其它BBWV2的RNA2具有高的序列同源性，为79.3%～88.0%。5，-NCR序列比对结果表明，分离物XJP1-1基因组RNA2与RNA1在5′-NCR区具有高的序列同源性为73.8%，并且包含相同的重复序列（AAACAGCUUUC）和相似的重复位置。茄子是不易被病毒感染的寄主，一直被认为是番茄黄化曲叶病毒（TYLCV）的非寄主。但是2011年下半年，新疆喀什地区温室茄子发生严重的曲叶等症状，与双生病毒危害的症状非常相似。为了明确其病原种类，利用双生病毒的兼并引物PA/PB，对采自感病茄子的病毒分离物KSQ1-3进行了分子检测。通过PCR检测获得大小约500bp的特异性条带，对其进行克隆和测序，获得518个核苷酸。基因库检索表明，该序列与番茄黄化曲叶病毒（TYLCV）基因组DNA-A序列同源性很高。根据已测序列设计了2对引物对KSQ1-3DNA全长进行了的克隆和测序，获得基因组DNA的全长为2781个核苷酸，序列比对结果显示，该序列与番茄黄化曲叶病毒（TYLCV）具有最高的序列相似性，达到98.5%～99.6%。本研究为首次发现番茄黄化曲叶病毒可以侵染茄子及茄子是TYLCV的自然寄主。