核磁共振代谢组学谱峰对齐及数据归一化方法研究

来源 :厦门大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yinlangui
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
代谢组学(metabonomics)是研究生物体受病理/生理刺激或基因改变后,定量分析内源性代谢产物的整体组成及其变化规律的科学。经过十几年的快速发展,代谢组学已成功地应用到病理学、毒理学、药理学、疾病诊断等诸多领域。核磁共振(NMR)由于其独特的优势,已成为代谢组学数据获取的重要手段之一。但由于生物系统及外部环境的复杂性,样本制备及实验操作的差异性,以及数据的高维度,代谢组学的数据分析常常面临巨大挑战。数据预处理可很大程度上抑制干扰,规范数据,有利于模式识别准确性的提高和生物标志物的发现。本文主要从谱峰漂移和样本间整体性浓度差异的校正入手,对代谢组学的数据预处理进行研究,并提出新的谱峰对齐方法和样本归一化方法,提高后续数据分析结果的可靠性。主要内容如下:  1.提出一种基于高斯平滑的谱峰对齐方法。生物样品NMR谱图的信号峰具有一定的稀疏性,因此,谱峰对齐算法通常先将参考谱和待对齐谱分割成若干个小段,再分别对各信号段进行谱峰对齐,最后拼接成一张完整谱图。新方法通过对原始谱图进行高斯平滑,得到谱图的包络,一个包络对应一段谱图,进而得到谱图分段;通过高斯函数窗口的调节,可在不同尺度下对原始谱图进行分段,进而在多尺度下对齐谱图。通过与其它谱峰对齐方法的比较,新方法在对齐精度、谱峰轮廓保持及对后续多变量统计分析的促进上都有一定优势。  2.提出一种基于代谢物统计差异并移除组间差异代谢物的样本归一化算法。该方法通过统计手段对代谢物在实验组和对照组的组间差异进行检验,并排除差异性较显著的一部分代谢物,利用剩余代谢物进行归一化。通过在模拟数据和真实数据中的运用,结果表明新方法具有更高的归一化精度,并对后续的模式识别和生物标志物的寻找具有促进作用。
其他文献
中学化学教学是化学教育的启蒙和基础阶段.它不仅能为学生升入高一级学校学习有关专业奠定基础.也能为毕业生参加工作解决处理一些实际问题打下基础.要想大面积提高化学教学
物理实验是人们根据研究的目的,运用科学仪器设备,人为地控制、创造或纯化某种自然过程,使之按预期的过程发展,同时在尽可能减小客观干扰的前提下进行观测,以探究物理过程变
自90年代初入华以来,安利已经将中国市场打造成其世界最大的市场,亦成为了中国饱受争议的世界知名品牌。Amway(安利)取自于American Way,原意为美国之路。在中国市场,“安利
疯狂的金价让全球投资者关注黄金这一投资品种,国内基金公司也不例外,中国或出现以黄金为主要投资标的的基金。2010年11月8日,国际黄金价格在3个月涨势的基础上猛然上行,突破
音乐教育是人文学科的一个重要领域,是实施美育的主要途径之一,是培养高素质人才的重要手段和必修课.rn音乐教育对于陶冶情操,培养创新精神和实践能力、审美能力,增进身心健
川作6优177系四川省农业科学院作物研究所用川作6A与恢复系成恢177配组育成的中熟杂交中稻新组合,具有高产稳产、抗性较强、生育期短、适应范围广等特点,适合于四川中籼中熟
期末又到了,我相信每一位班主任都在思考如何评价学生一学期的表现.作为班主任的您是如何评价学生的呢?rn记得02年秋季学期临近结束的时候,班主任都忙于为学生写评议.学校行
董其昌的艺术思想继承发展了宋代欧阳修,苏轼等文人理论的精髓,代表着进入了明代的文人画思潮,他的南北宗论就是在文人的审美观的基础上创立的。南北宗论是中国画史上第一次
煤与瓦斯突出是煤矿开采过程中的严重自然灾害之一,因其具有突发性、对生产人员的安全危害极大。当前,由于煤与瓦斯突出机理仍处于假说阶段,影响它的因素随机性又大,要完全控