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柔膜菌科属于子囊菌门、锤舌菌纲、柔膜菌目，包括腐生、植物寄生和真菌上生的子囊菌。在自然界物质循环中，它们对植物残体的分解起着十分重要的作用。该科部分种类能产生色素以及有抗菌和细胞毒活性的化合物，另一些种能导致植物病害，还有一些可能与污染物降解有关。对柔膜菌科进行系统分类研究兼具理论和指导实践的意义。 本研究在资源调查和收集的基础上，系统地整理和鉴定了我国柔膜菌科及相关类群的馆藏和待鉴定标本300多份，对其进行了形态解剖学的观察和记录。研究结果鉴定出37个属，其中柔膜菌科27属（卷边盘菌属Ascocalyx、紫胶盘菌属Ascocoryne、胶盘菌属Ascotremella、小双孢盘菌属Bisporella、拟黄杯菌属Calycellinopsis、半杯菌属Calycina、拟薄盘菌属Cenangiopsis、薄盘菌属Cenangium、绿散胞盘菌属Chlorencoelia、绿杯菌属Chlorociboria、绿胶杯菌属Chloroscypha、小胶盘菌属Claussenomyces、复柄盘菌属Cordierites、暗被盘菌属Crumenulopsis、小地锤菌Cudoniella、散胞盘菌属Encoelia、拟散胞盘菌属Encoeliopsis、长孢盘菌属Godronia、霍氏盘菌属Holwaya、复聚盘菌属Ionomidotis、新胶鼓菌属Neobulgaria、暗柔膜菌属Phaeohelotium、华胶垫菌属Sinocalloriopsis、斯特罗盘菌属Strossmayeria、芽孢盘菌属Tympanis、拟爪毛盘菌属Unguiculariopsis、丝绒盘菌属Velutarina），包括55个种、2个亚种和1个变种以及其他真菌类群的10属14种。建立新属1个(华胶垫菌属SinocalloriopsisF.Ren&W.Y.Zhuang)，描述新种12个（黑龙江小孢盘菌Acervusheilongjiangensis、广东小双孢盘菌Bisporella guangdongensis、竹黄杯菌Calycellina bambusae、单孢黄杯菌Calycellina unicellularis、青海拟薄盘菌Cenangiopsis qinghaiensis、大孢绿散胞盘菌Chlorencoelia macrospora、新疆绿胶杯菌Chloroscypha xinjiangensis、多隔拟散胞盘菌Encoeliopsis multiseptata、单隔绒被盘菌Microscypha uniseptata、河南新胶鼓菌Neobulgaria henanensis、胶化多丝盘菌Polydesmia gelatinosa、华胶垫菌Sinocalloriopsis guttulata）和新变种1个（落叶松芽孢盘菌小囊变种Tympanis laricina var.parviascigera），发现中国新记录属5个（Ascocaly、Cenangiopsis、Cudoniella、Encoeliopsis、绒被盘菌属Microscypha）和新记录种7个（卷边盘菌Ascocalyx abietis、四孢小双孢盘菌 Bisporella tetraspora、碘蓝小双孢盘菌Bisporella iodocyanescens、悬钩子生拟薄盘菌Cenangiopsis rubicola、波托绿杯菌Chlorociboria poutoensis、泪滴暗被盘菌Crumenulopsis lacrimiformia、肉色暗柔膜菌Phaeohelotium carneum），另鉴定了参照种4个[（参照）旋卷地锤菌Cudonia cf.circinans、（参照）灯芯草小地锤盘Cudoniella cf.junciseda、（参照）毛柄膜盘菌Hymenoscyphuscf.lasiopodius、（参照）山地暗柔膜菌Phaeohelotium cf.monticola]。完成37属69种的规范描述及图示。 采用多基因（18S rDNA、28S rDNA、MCM7基因）分析方法，探讨了柔膜菌科部分类群之间以及绿杯菌属种间的系统发育关系。结果表明，柔膜菌科的参试属并没有聚类在一起，该科可能不是一个单系群。但是，同属的不同种表现出较高相似性，聚类在一起形成独立分支，部分形态上相似的种聚类在一起，说明这些属的概念比较清晰。利用绿杯菌属的ITS基因序列分析的方法探讨了种间关系，表明该属为单系群。