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20世纪90年代初期，随着中国建立社会主义市场经济体制步伐的加快，进一步扩大对外开放，进出口贸易量迅速增长，海关管理目标要求与管理资源不足的矛盾日益突出。为适应市场经济条件下对外贸易快速发展的需求，实现海关有效监管和高效运作的双重目标，中国海关深化行政体制改革，借鉴发达国家海关外部审计制度的经验，于1994年正式建立和推行海关稽查制度。
近年来，随着我国对外开放程度的加大和经济的高速发展，海关监管模式的改革创新成为一个受到普遍关注的热点问题。为推动海关改革，提高监管效能，海关稽查作为世界海关最具代表性的新型(非传统)海关管理方式之一，逐渐得到重视和应用。海关稽查管理体制作为海关稽查工作体系中带有整体性、全局性的制度形态，影响着海关稽查工作目标的实现和海关稽查系统的顺利运转。
本文以海关稽查管理体制为对象，在回顾海关稽查制度发展和海关稽查管理体制演变的基础上，运用比较分析、综合分析、系统分析和调查研究等方法，从战略管理、组织环境、组织效能等角度进行研究，思考海关稽查管理体制运作中存在的问题，探寻原因，为建立与经济发展水平相适应的、高效的海关稽查管理体制，提出一些改进之策。
本文首先通过介绍国内外海关稽查制度简况，回顾分析海关稽查建立的历史背景和原初设计，指出海关稽查在现代海关制度建设中的重要意义和应有之义。其次，通过分析海关稽查管理体制现状，评价海关稽查管理体制存在的内在矛盾和由此产生的海关稽查实践问题，提出海关稽查管理体制在新时期海关管理模式的运行过程中必须解决的管理矛盾。再次，从战略管理、组织环境、组织效能等三个方面，思索海关稽查管理体制运作问题的原因，提出海关稽查管理体制优化运作的方向。最后，通过总结海关稽查管理体制运作的经验得失，针对海关稽查管理体制中亟待解决的重点，从战略目标、部门协作和绩效考核等三个方面提出海关稽查管理体制优化的措施建议。