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本研究利用PCR-克隆测序技术，基于中国具有代表性的15个家马群体探讨免疫相关的MHC-DRB基因的多态性和选择压力影响，进而判断何种家马群体具有较高的免疫抗性，为今后家马的抗病标记辅助选择奠定基础；同时从核基因角度分析中国15个家马群体间的遗传距离。旨在为家马遗传资源的合理利用、保护以及选育等提供理论基础和科学依据。经研究比较，结果显示：
（1）所研究的15个家马群体MHC-DRB第二外显子具有极高的多态性，遗传多样性从高到低依次是新疆群体>云南乌蒙群体>云南文山群体>吉林群体>云南永宁群体>陕西群体>云南大理群体>青海祁连群体>四川群体>青海德令哈群体>内蒙古群体>青海同德群体>云南丽江群体>云南腾冲群体>黑龙江群体。
（2）在所研究的15个家马群体中4种突变类型转换、颠换、插入和缺失均存在，但主要以转换和颠换为主，且颠换频率大于转换。密码子第一、二位的变异明显多于第三位，且存在强烈的密码子使用偏好。密码子的G+C含量均显著高于A+T含量，但各群体密码子的G+C含量相差不显著。
（3）15个家马群体的选择检验表明：吉林、内蒙古、青海同德、四川、陕西、新疆、云南大理、云南丽江和云南腾冲共9个群体的正选择检验结果显著，而黑龙江、青海德令哈、青海祁连、云南乌蒙、云南文山和云南永宁共6个群体的正选择检验结果不显著。
（4）从基于MHC-DRB第二外显子序列的Fst遗传距离来看，所研究的15个家马群体中云南乌蒙群体与新疆群体间的遗传距离最远，而云南文山群体与黑龙江群体间的遗传距离最近。