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本文于2007年1月至2008年12月(历时2周年）逐月对淀山湖浮游动物四大类群(原生动物、轮虫、枝角类和桡足类）群落结构的种类组成、时空分布等进行了调查与分析。通过种类鉴定、确定优势种及计算生物指数等方法，分析浮游动物群落结构与生态环境因子的相关关系，以期利用浮游动物群落结构变化，结合理化指标对淀山湖进行水质综合评价，为淀山湖富营养化合理、有效的治理提供基础资料。
分析表明，在调查期间，共鉴定观察到浮游动物154种，其中原生动物52种，占总种数的33％，隶属于6目37属；轮虫65种，占总种数的42％，隶属于2亚目11科27属；枝角类21种，占总种数的13％，隶属于6科12属:桡足类16种(不含无节幼体和桡足幼体），占总种数的12％，隶属于6科11属。浮游动物优势种，原生动物体现为恩茨筒壳虫Tintinnidium entzii、绿急游虫Strombidiumviride、小口钟虫Vorticella microstoma、淡水筒壳虫Tintinnidium fluvialile和旋回侠盗虫Strobilidiumgyrans；轮虫优势种为针簇多肢轮虫Polyarthra trigla、椎尾水轮虫Epiphanes senta、长三肢轮虫Filinia longiseta、泡轮虫Pompholyx sp.、角突臂尾轮虫Brachionus angularis、萼花臂尾轮虫Brachionus calyciflorus、西氏晶囊轮虫Asplanchna siebold、螺形龟甲轮虫Keratella cochlearis、前节晶囊轮虫Asplanchna priodonta和缘板龟甲轮虫Keratella ticinensis；枝角类优势种为长额象鼻溞Bosmina longirostris、短尾秀体溞Diaphanosoma brachyurum、裸腹溞属Moinasp:桡足类优势种为近邻剑水蚤Cyclops vicinus、华哲水蚤Sinocalanus sp.、广布中剑水蚤Mesocyclops leuckarti、汤匙华哲水蚤Sinocalanus dorrii、剑水蚤Cyclapoida sp.和微小近剑水蚤Tropocyclops parvus。浮游动物的种类组成和优势种组成随季节变化而变化。
浮游动物年均密度和生物量分别为6294ind./L和14.17mg/L。群落结构特征表现为小型浮游动物(原生动物和轮虫）的种类数及密度在浮游动物总种类数和总密度中所占比例较高，大型浮游动物(枝角类和桡足类）所占比例较少，生物量以大型浮游动物(枝角类和桡足类）占优势，小型浮游动物中以轮虫生物量为主。
浮游动物密度季节变化体现春季和秋季两个高峰，最高峰出现在2～6月份，次高峰9～11月:生物量季节变动以夏季高峰为优势，其他季节差异不大。浮游动物密度站点空间变化表现为:湖心St4、湖南区St6居高，最低值在进水口St5站点:生物量变化则以湖南区St6最高，网围养殖区St3和出水口St1次之，最低值出现在湖心St4。
另外，研究了浮游动物群落密度和生物量与各种理化因子的相关性。结果显示:各种理化因子对不同类群浮游动物的响应各不同。通过相关性分析(SPSS18.0)，得出淀山湖浮游动物密度与各环境因子无显著相关关系，生物量与总氮成显著负相关(r=-0.168，P＜0.05)，与亚硝态氮成显著正相关(r=0.219，P＜0.05)。通过GAM广义加性模型分析环境因子和浮游动物生物量之间的函数关系，得出叶绿素a含量浓度和氨氮浓度对浮游动物生物量影响极为显著(P＜0.01)，总氮与浮游动物生物量也呈一定相关(P＜0.05)，其他环境因子与浮游动物生物量相关性较小。
同时利用指示生物法、三种多样性指数、种类污染值和群落污染值分别对淀山湖进行水质生物学评价。其中从淀山湖浮游动物优势种来看，淀山湖水体营养类型属于中-富营养型。特别是原生动物中的筒壳虫、钟虫，轮虫中的臂尾轮虫、三肢轮虫喜生活在中污-重污染的水体环境。Shannon-Weaner多样性指数变动范围在1.87-2.87之间，Margalef多样性指数变动范围在2.23-3.52之间，Simpson多样性指数变动范围在2.65-6.43之间。分析比较各种多样性指数对水质的指示程度，得出淀山湖浮游动物四大类群中只有原生动物和轮虫的Shannon-Weaner多样性指数及Margalef多样性指数对水质的评价结果较为合理，且说明淀山湖水质属于β-中污型。群落污染值CPV值整体反映了淀山湖各站点水质情况:St5＞St3＞St1＞St4＞St2＞St6。
综合各种评价方法，测定淀山湖水质大多处于中污-重污，主要为富营养型。