一种挖掘mRNA可变剪接变体的新技术

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mRNA前体(pre-mRNA)的可变剪接是控制基因表达和产生蛋白质多样性的重要机制。高等真核生物约有60%~70%的基因发生着可变剪接。传统探测可变剪接变体的方法必须先经过生物信息学预测,根据预测结果——可变剪接在某一基因上可能发生的位点信息,在基因的特定位置设计引物或探针,再通过经典的RT-PCR.法或核酸杂交的方法完成检测反应。这些方法得以正确实施的前提是生物信息学预测必须是正确的。但是生物信息学的预测准确度存在一定程度的偏差,预测不准必然导致实验结果的失败。其次现在芯片使用的探针集是来源于数据库,如果可变剪接数据库内没有的记录,芯片就会漏失这些检测位点。 为了完整的反映细胞内某一基因在特定生理状态下存在可变剪接变体,我们使用“基因特异性引物池(Gene Specific Primer Pool,GSPP)”避开生物信息学预测这一环节,结合RT-PCR法和自创的双向锚定PCR法来探测尽可能多的可变剪接变体。实验结果显示GSPP法能够获得在特定的生理状态下,细胞内某一基因的全部可变剪接型式。与此同时用GSPP获得的尚未报道的可变剪接情况,可以丰富现有数据库的记录量,从而为更好的进行芯片高通量的筛选实验奠定了基础。基因在特定环境下对应着特定的剪接型式,这些剪接型式往往是某些疾病的biomarker,也可能是导致这些疾病的原因。所以尽可能多的发现这些可变剪接变体在医学生物学上意义重大。
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