基因指纹用于23株嗜酸氧化亚铁硫杆菌菌株亲缘性研究

来源 :中南大学 | 被引量 : 1次 | 上传用户:kiddmanwy
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摘要:嗜酸氧化亚铁硫杆菌作为一种重要的微生物冶金细菌,在世界生物冶金领域内都有着广泛的应用。虽然嗜酸氧化亚铁硫杆菌已经得到深入的研究,但是由于其特性,难以分离纯化,且种内菌株难以用传统方法快速鉴别。本文研究了嗜酸氧化亚铁硫杆菌菌株对铜离子的最大耐受能力,并将其按表型进行分类。结果显示,菌株的铜离子耐受能力从60mmol/L至200mmol/L,菌株间的差异较大。嗜酸氧化亚铁硫杆菌菌株耐受能力从高到低依次为DY26、DY30、DY32、GF、BY-01、 BY-0502、GD-A、GD-B、GD-9、DXS、DY15、DY18、JYC-2、JYC-3、 DX5、YTW、JYC-1、BY-03、 DC、GD-0。铜离子耐受能力较高的菌株从高到低为DY26、DY30、DY32、GF、 BY-01、BY-0502、GD-A、 GD-B、GD-9、DXS、DY15、DY18、JYC-2、JYC-3,最大铜离子耐受浓度为200-160mmol/L;耐受能力较低的菌株从高到低为DX5、 YTW、JYC-1、BY-03、DC、GD-0,最大铜离子耐受浓度为120-60mmol/L。为研究23株嗜酸氧化亚铁硫杆菌菌株的基因多样性,以及基因指纹技术分类与其表型特性的相关性,使用40种RAPD (random amplification of polymorphic DNA)引物,通过PCR扩增23株菌株的基因组DNA,产物凝胶电泳并使用紫外成像系统成像,并分析所得条带的有无,从而使用Jaccard系数和UPGMA分析菌株间亲缘相关性。实验共得到了518个不同长度的可重复条带,所有40种随机引物进行的RAPD实验结果中,23株菌种间相似系数最小为42.8%,而相似系数最大为92.1%。OPC组引物能产生更多的特异基因指纹,并在嗜酸氧化亚铁硫杆菌种内拥有更强的分类鉴定能力。铜离子耐受能力较高的14株菌株中,相似系数最高为91.4%(DY26与DY30),相似系数最低为61.2%(BY-01与BY-0502),铜离子耐受能力较低的6株菌株中,相似系数最高为88.8%(DX5与DC),而相似系数最低为53.3%(DC与BY-03)。为研究rep-PCR在嗜酸氧化亚铁硫杆菌种内分类鉴定菌株的可行性,使用两种rep-PCR引物(GTG)5和BOXA1R进行rep-PCR试验。Rep-PCR引物(GTG)5共产生12个不同长度的可重复条带,其中,23株菌无共有条带(非特异条带),产生条带长度最大为1.6kb左右,最短长度为0.2kb左右。Rep-PCR引物BOXA1R共产生13个不同长度的可重复条带,其中,23株菌无共有条带,产生条带长度最大为1.4kb左右,最短长度为0.3kb左右。综合上述结果表明,RAPD适用于嗜酸氧化亚铁硫杆菌种内进行基因型分类,并有快速鉴定嗜酸氧化亚铁硫杆菌菌株的能力,rep-PCR在一定范围内适用于嗜酸氧化亚铁硫杆菌种内进行基因型分类,作为鉴定菌株的能力较弱,这些研究可以为进一步标准化基因指纹技术条件,并发展成为一种快速鉴定嗜酸氧化亚铁硫杆菌株的技术提供理论基础。
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