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鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、鳙(Aristichthys nobilis)是大型鲤科经济鱼类，广泛分布于我国南北水域，是我国传统内陆淡水渔业的重要支柱。上世纪60年代以来，受过度捕捞、生态环境破坏、水利工程等影响，鲢、鳙中国土著群体资源急剧下降，必将对其遗传资源产生严重影响。与此同时，鲢、鳙被移植至亚、欧、美、非洲的许多国家，用于控制水藻或发展水产养殖，并在当地形成了新的地方群体。为了更好地保护和利用鲢、鳙种质资源，实现渔业的可持续发展，全面了解鲢、鳙自然群体遗传资源状况尤为重要。本文在世界范围内收集了鲢、鳙中国群体(长江、珠江、黑龙江)和国外群体(密西西比河、多瑙河)，采用AFLP技术对中国土著群体与海内外移居群体的遗传多样性、遗传差异进行了分析，为进一步监测海内、外鲢、鳙群体的遗传变化趋势积累资料，为鲢、鳙的遗传资源保护、利用和管理提供依据。
1.鲢中国土著群体与欧美移居群体遗传结构
从长江群体内(邗江、老河)、中国长江、珠江、黑龙江群体间以及中国土著群体和海外移居群体(多瑙河、密西西比河)间3个层面分析了鲢自然群体在世界范围内的遗传格局，结果表明：邗江、老河、珠江、黑龙江群体的Neis基因多样性(H)分别为0.0481±0.1151、0.0659±0.1333、0.0510±0.1155、0.0661±0.1364，多瑙河、密西西比河群体分别为0.0576±0.1250、0.0540±0.1221;中国土著鲢总的遗传多样性(0.0729±0.1295)高于海外移居群体。AMOVA分析表明，群体间差异对群体总遗传变异的贡献率为8.14％，而群体内差异的贡献率为91.86％。长江石首与邗江群体间的遗传分化FST值为0.0701(P＜0.01)，长江、珠江、黑龙江群体间的FST值为0.0704(P＜0.01)，中国土著群体与海外移居群体间的FST值为0.0424(P＜0.01)，鲢中国土著群体内、土著群体与海外移居群体间均表现分化显著。
采用AFLP技术分析了鳙中国土著群体(长江、珠江)与国内、外移居群体(中国黑龙江、欧洲多瑙河、北美密西西比河)的遗传变异特征，结果表明：鳙长江、珠江土著群体的Neis基因多样性(H)分别为0.0394±0.1221、0.0529±0.1236，黑龙江、多瑙河、密西西比河移居群体分别为0.0233±0.0883、0.0122±0.0619、0.0134±0.0614，国内、外移居群体的遗传多样性显著低于国内土著群体，这与移居群体的来源以及在异地适应、定居、建群过程中发生了明显的遗传瓶颈效应有关。AMOVA分析表明，群体间差异对群体总遗传变异的贡献率为31.48％，而群体内的贡献率为68.52％。鳙长江、珠江群体间的遗传分化指数FST值为0.3501(P＜0.01)，土著群体与国内、外移居群体间的总FST值为0.1550(P＜0.01)，鳙土著群体与国内、外移居群体间表现为显著分化水平，反映了移居新形成的自然群体在遗传背景、遗传漂变、经历的生态环境压力与自然选择等方面与土著群体间存在明显差异。