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小麦种子50％-70％由淀粉组成，淀粉含量直接影响小麦产量，同时淀粉的组成决定其理化特性进而在一定程度上影响面粉的加工品质，淀粉合成酶Ⅱa(SSⅡa)是支链淀粉合成的重要酶，其活性的高低直接影响直链淀粉及总淀粉含量的高低。本研究利用聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)法对368份小麦的SSⅡa蛋白进行多样性鉴定，并通过基因克隆、定量表达的方法挖掘SSⅡa基因等位变异对其蛋白表达的作用机理及淀粉含量的影响。主要结果如下:
1.通过与栽培一粒小麦、节节麦、圆锥小麦及中国春缺体四体的带型作对照，在368份中国地方小麦材料中一共鉴定出3份SSⅡa-D亚基缺失型材料，小青芒、蒲扇把麦和P119，而所有鉴定的材料中均不存在SSⅡa-B缺失型。
2.对蒲扇把麦SSⅡa-D基因组DNA序列进行了扩增，拼接共获得全长为8262bp的序列，其中包括起始密码子上游序列1367bp，ATG到TGA序列6756bp及终止密码子下游138bp。将该序列与中国春SSⅡa-D基因进行比对发现，蒲扇把麦SSⅡa-D基因的ATG上游序列与中国春完全一致，在第七内含子和第八外显子连接处发生18bp的碱基缺失及9bp的变异，缺失的18bp为第七内含子末尾部分，9bp的变异发生在第八外显子开始部分。这些变异导致内含子-外显子连接处的特征识别位点AG缺失，进一步对该基因cDNA序列克隆发现这种可变剪切一共导致形成了4种类型的cDNA，其不同的剪切位点均是由上述变异引起，其中，类型Ⅰ和类型儿中的剪切位点推后至第八外显子中，类型Ⅰ为65bp的缺失;类型Ⅱ为16bp的缺失;而类型Ⅲ和类型Ⅳ中的剪切位点提前至第七内含子中，类型Ⅲ为在第七内含子中少剪掉39bp，此外，还在第八外显子中出现了9bp的变异;类型Ⅳ为在第七内含子中少剪掉183bp插入，也出现了9bp的变异，并且我们也发现类型Ⅳ的cDNA在第五外显子末端少剪切掉97bp。通过翻译成氨基酸序列发现类型Ⅰ、Ⅱ和Ⅳ均会导致氨基酸翻译的提前终止，而类型Ⅲ中多出了13个氨基酸残基。此外，在测序获得的共12条cDNA序列中有9条类型Ⅱ，其他三种则分别检测到1次，说明在蒲扇把麦中SSⅡa-D基因的丰要转录类型为类型Ⅱ。
3.通过对小青芒和P119 SSⅡa-D基因全长cDNA序列的克隆测序，结果发现小青芒在第四外显子(+1059bp)处发生AC碱基的插入，导致移码突变，不能翻译成完整的氨基酸序列。在P119中扩增得到的cDNA序列共有两种类型，其中类型Ⅰ与小青芒中的完全一致，共获得6个阳性克隆，类型Ⅱ共获得1个阳性克隆，而在此类型中，位于+1221bbp处出现了97bp的插入，与蒲扇把麦中类型Ⅳ中相应位置的变异完全一致。
4.对小青芒、蒲扇把麦和P119及对照材料籽粒总淀粉含量及直链淀粉含量的测定表明二者在小青芒、蒲扇把麦和P119中的含量与对照（川农16，蜀麦969及中国春）均无显著差异，推测SSⅡa-D亚基的缺失对直链淀粉含量产生的效应较小或其他相关支链淀粉合成基因补偿了SSⅡa-D的效应。
5.利用定量PCR检测SSⅡa基因在籽粒发育过程中的的表达水平。开花后10天、17天、24天及31天时，SSⅡa相对基因表达水平在三份SSⅡa-D缺失型材料中的表达水平低于对照材料中国春在对应时间的表达水平。
1.通过与栽培一粒小麦、节节麦、圆锥小麦及中国春缺体四体的带型作对照，在368份中国地方小麦材料中一共鉴定出3份SSⅡa-D亚基缺失型材料，小青芒、蒲扇把麦和P119，而所有鉴定的材料中均不存在SSⅡa-B缺失型。
2.对蒲扇把麦SSⅡa-D基因组DNA序列进行了扩增，拼接共获得全长为8262bp的序列，其中包括起始密码子上游序列1367bp，ATG到TGA序列6756bp及终止密码子下游138bp。将该序列与中国春SSⅡa-D基因进行比对发现，蒲扇把麦SSⅡa-D基因的ATG上游序列与中国春完全一致，在第七内含子和第八外显子连接处发生18bp的碱基缺失及9bp的变异，缺失的18bp为第七内含子末尾部分，9bp的变异发生在第八外显子开始部分。这些变异导致内含子-外显子连接处的特征识别位点AG缺失，进一步对该基因cDNA序列克隆发现这种可变剪切一共导致形成了4种类型的cDNA，其不同的剪切位点均是由上述变异引起，其中，类型Ⅰ和类型儿中的剪切位点推后至第八外显子中，类型Ⅰ为65bp的缺失;类型Ⅱ为16bp的缺失;而类型Ⅲ和类型Ⅳ中的剪切位点提前至第七内含子中，类型Ⅲ为在第七内含子中少剪掉39bp，此外，还在第八外显子中出现了9bp的变异;类型Ⅳ为在第七内含子中少剪掉183bp插入，也出现了9bp的变异，并且我们也发现类型Ⅳ的cDNA在第五外显子末端少剪切掉97bp。通过翻译成氨基酸序列发现类型Ⅰ、Ⅱ和Ⅳ均会导致氨基酸翻译的提前终止，而类型Ⅲ中多出了13个氨基酸残基。此外，在测序获得的共12条cDNA序列中有9条类型Ⅱ，其他三种则分别检测到1次，说明在蒲扇把麦中SSⅡa-D基因的丰要转录类型为类型Ⅱ。
3.通过对小青芒和P119 SSⅡa-D基因全长cDNA序列的克隆测序，结果发现小青芒在第四外显子(+1059bp)处发生AC碱基的插入，导致移码突变，不能翻译成完整的氨基酸序列。在P119中扩增得到的cDNA序列共有两种类型，其中类型Ⅰ与小青芒中的完全一致，共获得6个阳性克隆，类型Ⅱ共获得1个阳性克隆，而在此类型中，位于+1221bbp处出现了97bp的插入，与蒲扇把麦中类型Ⅳ中相应位置的变异完全一致。
4.对小青芒、蒲扇把麦和P119及对照材料籽粒总淀粉含量及直链淀粉含量的测定表明二者在小青芒、蒲扇把麦和P119中的含量与对照（川农16，蜀麦969及中国春）均无显著差异，推测SSⅡa-D亚基的缺失对直链淀粉含量产生的效应较小或其他相关支链淀粉合成基因补偿了SSⅡa-D的效应。
5.利用定量PCR检测SSⅡa基因在籽粒发育过程中的的表达水平。开花后10天、17天、24天及31天时，SSⅡa相对基因表达水平在三份SSⅡa-D缺失型材料中的表达水平低于对照材料中国春在对应时间的表达水平。