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本论文工作包括四部分：
1、采用密度泛函理论，B3YP/6-31G(d，p)模型化学，理论计算研究新分离的天然药物分子分子结构和构像异构体。通过计算取得了三个稳定的Lancifodilactone F分子结构，其中两个分子的结构具有相同的结构参数，相同的热力学数值，它们的分子偶极矩，零点振动能，分子转动温度和转动常数也相等，分子振动频率和强度也一致，表明这两个Lancifodilactone F分子结构是具有手性性质特征的异构体结构，具有相同的分子结构稳定性。
2、二磷酸腺苷酸核糖基转移酶(Adprt)是一个潜在的治疗癌症靶点，研究ADP核糖基转移酶活性位点有助于理解肿瘤发生的机理，有助于发现与抑制肿瘤相关的新机制。以1A26蛋白为研究对象，对配体CAN分子和逐个氨基酸残基进行分子结合能量子力学的研究。研究结果显示序号988Glu残基不仅对CAN分子没有影响，而且也不是1A26蛋白的活性位点，而103Lys氨基酸残基是1A26蛋白的活性位点。
3、采用量子力学密度泛函理论，B3LYP计算方法，结合6-31G(d，p)基组，逐个计算MKC分子与其周围半径7A结构范围内的34个氨基酸残基相互作用和结合能，发现在1RT1蛋白中103Lys氨基酸残基是MKC分子的结合作用位点，结合能值为-11.18kcal.mol-1。该结合位点的发现将为进一步设计和寻找抗HIV-1逆转录酶抑制剂药物分子提供理论基础。
4、为了有效地利用已经获得的天然药物分子化合物资源，我们实验室要建立一个天然药物分子化合物数据库。该数据库可以为化合物提取分离、药物合成、药物筛选、先导化合物的发现与优化、构效关系研究、药物设计等研究工作提供化合物基础。本部分的论文工作收集构建了1332个天然药物分子化合物的数据，为实现构建十几万个天然药物分子化合物数据库做一些工作。