牛生长发育性状候选基因的分子标记研究

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本研究以鲁西牛、南阳牛、中国西门塔尔牛为试验动物,利用 PCR-SSCP 和PCR-RFLP 技术研究了三个牛品种 GH、GHR、IGF-I、IGF-IBP3 四个候选基因上的遗传变异,以肉牛线性体型评分方法和体尺性状作为衡量牛生长发育的指标,运用最小二乘拟合线性模型,对所发现的多态位点与牛生长发育性状的关系进行了分析,探讨了 GH、GHR、IGF-I、IGF-IBP3 基因作为影响牛生长发育候选基因的可能性,所获得结果如下:1. GH 基因第 3 内含子、第 4 内含子、第 5 外显子、3’ 端、5’端位点多态 以及与牛生长发育性状的关系(1)GH 基因第 3 内含子的 PCR-SSCP 多态性检测结果表明:该多态位点由一对等位基因 A、B 控制,1547bp 处碱基 C→T 的替换造成该多态位点。等位基因 A(B)在鲁西牛、南阳牛、中国西门塔尔牛群体中的基因频率分别为:0.0957(0.9043)、0.2619(0.7381)、0.3477(0.6523),等位基因 B 为三个群体中的优势等位基因。(2)GH 基因第 4 内含子的 PCR-SSCP 分析结果表明:此位点存在品种间差异;在西门塔尔牛群体中,该多态位点的产生是由于 1978bp 处发生碱基 T→C 的替换;而在鲁西牛、南阳牛品种中,该位点在 1947bp 处发生碱基 T→G 的突变。(3)GH 基因第 5 外显子的 PCR-SSCP 分析结果显示:该多态位点的产生是由 2141bp处碱基 C→G 的突变引起的,使得亮氨酸变成缬氨酸,造成氨基酸发生变化。等位基因 A(B)在鲁西牛、南阳牛、中国西门塔尔牛群体中的基因频率分别为:0.2234(0.7764)、0.2262(0.7738)、0.4882(0.5118)。在此位点鲁西牛、南阳牛处于Hardy-weinberg平衡,而中国西门塔尔牛处于非平衡状态。(4)GH 基因 3’端的 PCR-RFLP 结果表明:由于 2639bp 处碱基 GCC→GGC 的突变造成 HaeⅢ酶增加一个酶切位点,该多态基因座位表现 3 种基因型 AA、AB、BB 基因型,其中 AB 基因型由大小分别为 256bp、206bp、199bp、50bp 的四个片段组成。在此位点中国西门塔尔牛等位基因 A 占优势,而鲁西牛、南阳牛等位基因 B 占优势。<WP=13>ii 牛生长发育性状候选基因的分子标记研究(5)GH 基因 5’端 PCR-SSCP 结果分析表明,该多态位点的产生是由 303bp 处碱基C→T 的突变造成。等位基因 A(B)在鲁西牛、南阳牛、中国西门塔尔牛群体中的基因频率分别为:0.4222(0.5778)、0.4268(0.5732)、0.3140(0.6860),等位基因 B 为优势等位基因。(6)利用最小二乘拟合线性模型对 GH 基因上 5 个多态位点不同基因型与生产性状指标进行显著性检验,结果表明:GH 基因第 5 外显子(GH-P3)、3’端(GH-P4)位点上 AB 基因型的体重、体高、体斜长、胸围和肉用指数显著高于 AA、BB 基因型(P<0.05);BB 基因型的个体体重、体高、体斜长、胸围和 BPI 略高于 AA 基因型,但差异不显著(P>0.05)。因此,等位基因 B 可初步确定为影响牛体重、体高、体斜长、胸围和 BPI 的优势基因。在肉牛改良中,可通过选择含有 GH-P3、GH-P4 位点的 B 等位基因的个体,以便提高牛生长发育性状的选择效果。2. 牛 GHR 基因的第 8外显子、第 9外显子、5’ 端、第 3外显子均未发现 PCR-SSCP和 PCR-RFLP 多态。3. 牛 IGF-I 基因第 2外显子、5’端、第 5外显子、第 5内含子座位多态以及与牛生长发育性状的关系分析(1)首次在牛 IGF-I 基因第 2 外显子上发现 PCR-SSCP 多态,多态位点有一对等位基因 A、B,该多态位点的产生是由于 3620bp 处碱基 A→G 的突变;3628bp 处碱基C→T 的突变以及 3842bp 处碱基 A→G 的突变造成的;在鲁西牛、南阳牛、西门塔尔牛群体中等位基因 A(B)的基因频率分别为 0.1489(0.8511)、0.0476(0.9524)、0.0000(1.0000),等位基 B 为优势等位基因,该座位处于 Hardy-weinberg平衡。(2)牛IGF-I 基因的5’ 端、第5 外显子、第 5内含子均未发现PCR-SSCP和PCR-RFLP 多态。(3)牛 IGF-I 基因第 2 外显子与牛生长发育性状的相关性分析表明,该基因座 AA型个体的体重、胸围显著高于 AB 和 BB 基因(P<0.05)。4. 牛 IGF-IBP3 基因第 2 外显子、第 3 外显子座位多态与牛生产性能的分析(1)首次在牛 IGF-IBP3 基因的第 2 外显子发现 PCR-SSCP 多态,由于 8069bp 处碱基 T→C 的突变,导致等位基因 A 变成等位基因 B,形成该位点多态。在三个牛群体中等位基因 A 为优势等位基因,该座位处于 Hardy-weinberg平衡。(2)牛 IGF-IBP3 基因第 3 外显子未发现 PCR-SSCP 和 PCR-RFLP 多态。(3)IGF-IBP3 基因的第 2 外显子基因座位(即 IGF-IBP3-P5)是唯一影响鲁西牛头部评分的位点,AA 基因型的个体头部评分显著小于 AB 和 BB 基因型(P<0.05)。<WP=14>摘 要 iii5. 基因型的组合效应对牛生长发育性状影响的分析(1)通过 GH 基因第 5 外显子、3’端(即 GH-P3、GH-P4)位点不同基因型组合对牛生产性状效应的分析,结果表明:GH-P3 和 GH-P4 位点存在非等位基因间的互作效应,其组合效应值均高于 GH-P3 和 GH-
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