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中药材DNA条形码分子鉴定技术可快速准确鉴定物种，突破了传统鉴定方法主要依赖经验、受形态和化学特征影响的限制，实现了中药材从主观性状鉴定到客观基因判定的技术革命。目前，中药材DNA条形码分子鉴定法指导原则已纳入《中华人民共和国药典》，为中草药产品原料的安全、准确提供了保障。本研究基于DNA条形码技术对华润三九医药股份有限公司的岗梅、九里香及血藤类等中成药原料药材进行了鉴定研究，探讨了中药材DNA条形码分子鉴定技术体系在中成药原料药材实际鉴定工作中的操作流程及应用价值。并基于这些实验数据构建了华润三九中药材DNA条形码鉴定系统。得到以下主要结论: (1)应用ITS2序列对93份岗梅药材及其近缘物种进行鉴定研究。采用相似性搜索法、最近距离法、构建NJ树对序列鉴定能力进行评估，结果显示不同来源的岗梅样品均可获得ITS2序列，种内K2P遗传距离为0-0.030，岗梅药材及其近缘物种的种间最小K2P距离为0.043。岗梅药材和基原物种样品在NJ树中聚为一支，能有效地与其他物种分开，相似性搜索法结果表明ITS2序列能够准确鉴定岗梅药材及其近缘种。因此ITS2序列能够准确鉴定岗梅药材及其近缘物种，该技术可用于确保岗梅药材原料的准确投料。 (2)基于ITS2序列对芸香科九里香属的8个物种共98份样本进行鉴定分析。采用最近距离法、建树法、BLAST鉴定法以及SNPs位点分析，综合评估该序列的鉴定能力。结果显示，基于K2P遗传距离分析的方法不能有效区分九里香、千里香和翼叶九里香。在UPGMA树中，不同物种显示出单系性。BLAST鉴定结果亦表明ITS2序列能够准确鉴定中药九里香。SNP位点查找发现，有3个稳定且明显的SNP标记可用于区分九里香Murraya exotica与其他物种。综上所述，ITS2序列可用于中药九里香及其同属近缘物种的鉴定。 (3)2015版药典收载的鸡血藤、大血藤、滇鸡血藤均有“血藤”之称，分别基于ITS2和psbA-trnH序列对来自3个科8个种的110份血藤类药材样本进行鉴定研究。利用DNAMAN进行序列相似性分析，BLAST鉴定，构建NJ树用以评估它们对血藤类药材的鉴定能力。结果表明，鸡血藤、大血藤、滇鸡血藤的ITS2种内序列相似度分别为98.1-100.0％，96.6-100.0％和99.6-100.0％，均高于其种间序列相似性，psbA-trnH序列的种内序列相似度也高于其种间序列相似性。两种序列的BLAST鉴定效率均为100％。在NJ树中，鸡血藤、大血藤、滇鸡血藤均能各自单独聚为一支，能明显的与其他非药典物种区分开。因此，DNA条形码技术能准确鉴定血藤类药材及其混伪品，可作为传统鉴定方法的有效补充。由ITS2序列转换成的二维DNA条形码将为血藤类药材的流通管理提供便利。 (4)基于实验数据构建了华润三九中药材DNA条形码鉴定系统，针对华润三九医药股份有限公司的药材特点进行专门设计和构建，并设计了个性化的专业鉴定软件，以光盘的形式展示。该鉴定系统能够针对公司所用中药材进行高效、快捷、准确的鉴定，大大加快了原料药的采购进度，推进了公司中药鉴定的标准化进程。