用分子动力学模拟研究单核苷酸序列多态性对K-Ras结构和动力学性质的影响

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Ras是人类原癌基因,对它的研究已经有超过30年的历史。Ras基因有H-、K-和N-三种亚型,它们编码的Ras蛋白(也叫做P21蛋白)具有高度同源性,是小分子的GTP结合蛋白,通过偶联细胞表面受体,参与细胞信号转导,介导细胞的增殖、生长和发育。这种信号转导是通过与GTP或GDP的结合来激活的。与GTP结合后,Ras蛋白处于激活状态,可以识别各种效应因子;随后,GTP水解为GDP,Ras处于失活状态。通常,这两个过程需要两个蛋白的调控:GTP酶激活蛋白(GAP)和鸟苷交换因子(GEF)。现有的研究表明,有超过30%的癌症与ras基因的突变有关。在三种ras基因的亚型(H-、K-和N-)中,K-ras的突变最为常见,这种突变在蛋白质水平上多发生在N端的12、13和61位密码子。氨基酸的突变影响了蛋白质本身的GTP酶活性,同时阻碍了与GAP的结合,使Ras蛋白在活化状态长时间停留,持续激活信号通路,引发癌细胞的增殖。  目前,多种Ras蛋白(野生型和突变型)在活性或非活性状态的晶体结构已经被X-射线晶体衍射技术解析。但是,PDB数据库中公布的蛋白质结构均为静态结构,无法展现其生物学过程中的动态构象变化。因此,突变对Ras蛋白产生构象变化的机制仍然不清楚。本文采用分子动力学模拟技术结合主成份分析方法对K-Ras蛋白的常见的五种突变体(包括12、13和61位残基)进行研究,分析致癌突变体与野生型蛋白的动态构象差异。  通过计算野生型和突变型K-Ras分子全局结构域、P-loop区、与GNP作用的Switch1和Switch2区域的溶剂可及性表面积、范德华接触数量、氢键数量,Cα的均方根波动等属性,我们定量地阐述了由于突变产生的K-Ras分子的构象变化,探讨了突变致癌可能的分子机制;最后通过本质动力学分析方法分析野生型和突变型构象的差异。  本文的研究结果表明,突变体中,K-Ras与GAP在Switch2区域结合可能受到阻碍;在突变型蛋白中P-loop、Switch1和Switch2区域的蛋白质构象变化大;突变的氨基酸影响K-Ras的GTP酶活性。
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