【摘 要】
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本研究建立了DNA甲基化的研究平台，包括了中低通量的BSP(Bisulfite Sequencing PCR)及MSP(Methylation-Specific PCR)方法以及中高通量的MethyLight方法，以及高通量的全基因组
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本研究建立了DNA甲基化的研究平台，包括了中低通量的BSP(Bisulfite Sequencing PCR)及MSP(Methylation-Specific PCR)方法以及中高通量的MethyLight方法，以及高通量的全基因组甲基化分析方法：ChIP onchip。其中BSP，MSP与MethyLight方法的基本原理是亚硫酸盐会将胞嘧啶C转化成U，而甲基化胞嘧啶则不变，此序列改变可通过PCR测序(BSP)或设计特异性引物(MSP)检测出来，而MethyLight结合了定量PCR的方法，使得检测更精确，通量更高。全基因组甲基化研究方法为基于免疫共沉淀的ChIP on chip方法，主要利用特异性亲合甲基化DNA的MBD2b蛋白或MBD结构域蛋白达到对全基因组甲基化DNA富集的目的，再利用全基因组CpG岛芯片对富集样本进行分析。
并利用已经建立了甲基化检测方法展开了对肝癌甲基化异化谱的研究，通过MBD2蛋白富集联合全基因CpG岛芯片检测了10对肝癌及癌旁样本的甲基化异化谱。同时开发了加权分析以及相应的WAS算法对全基因组甲基化芯片数据进行处理。经过WAS及ACME两种算法相互比较后我们得到了肝癌中异常高甲基化的基因列表，并选取部分基因位点在10对样本中进行了验证。实验结果表明芯片数据的可靠性，并找到了ANKRD45，TUBB6，HOXD3等新的在肝癌中出现启动子区异常高甲基化的基因。同时根据芯片结果以及对已发表的文献检索相结合，初步建立了肝癌的甲基化异化谱。新找到的基因及甲基化异化谱的建立将对肝癌的早期诊断具有重要意义。
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