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从人类基因组计划完成到最近的人类基因组单体型图确定，全基因组关联分析研究变得越来越强大。
本文首次采用了GAW15中的一套正常人群的SNP基因型与基因表达数据。用方差组分的关联分析模型进行研究，并构建了SNP—基因关联网络、基因.基因共关联网络、SNP—SNP共关联网络，对这些网络的拓扑性质进行了分析，对网络中的SNP与基因的生物学功能也进行了研究。
经研究发现这些关联网络的度都服从幂分布，介数的分布也随着度的增加有升高的趋势，因此这些网络均为无尺度网络。
通过对SNP—基因关联网络中SNP的度进行分析，本文得到了9个多效作用位点，并对这些SNP所关联的基因进行了功能富集分析，发现他们趋向于功能一致。然而，经过共表达分析后，本文发现即使与同一个SNP关联，基因之间的共表达也并不明显，但是与SNP关联并且参与相同功能的基因之间往往也是共表达的。进而，本文构建了一个共表达共关联网络，该网络也是一个无尺度网络，同时，网络中的基因之间有一些共同的生物学功能。
本文根据SNP在染色体上的位置关系找到了与之相关的转录因子，进而构建了一个转录因子与基因之间的可能的调控关系，并用预测软件来验证了这些关系，构建了一个转录因子与基因的调控网络，并进一步分析了网络中基因的功能，发现这些基因有着部分共同的结构与功能，并且这些功能与转录因子有关。
本文对与SNP关联的基因做OMIM富集分析，发现与SNP关联的基因更可能与疾病相关。
通过对SNP—基因关联网络的结构和功能研究，本文对SNP与基因的关联机制进行了探讨，认为SNP对基因的关联关系中有部分是通过转录因子完成的。