大肠癌相关长链非编码RNA的鉴定及其临床意义研究

来源 :宁波大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:SCY512355337
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目的:  结直肠癌是临床常见的消化道恶性肿瘤之一。全世界范围内每年约有140万新发病例,并且有70万人因为结直肠癌致死。长链非编码RNA是一类具有调控功能的RNA分子,它在肿瘤的发生发展中发挥着重要作用。但是,长链非编码RNA和结直肠癌之间的关系还不是很清楚。本研究通过生物信息学技术筛选结直肠癌相关长链非编码RNA LINC00472和LINC00473。之后我们进一步研究它们的临床意义和生物学功能。  方法:  1.下载基因表达文库(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中结直肠癌相关基因芯片。生物信息学分析后筛选出若干在结直肠癌中差异表达的长链非编码RNA,选择其中的LINC00472和LINC00473进行进一步研究。  2.荧光定量逆转录-聚合酶链式反应(quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction,qRT-PCR)技术检测LINC00472和LINC00473在结直肠癌组织和细胞中的表达水平。分析两者表达水平和患者临床病理因素之间的关系。之后构建受试者工作特征(Receiver operating characteristic,ROC)曲线评估两者对结直肠癌病人的诊断价值。  3.焦磷酸测序检测结直肠癌组织和配对癌旁组织中LINC00472和LINC00473基因的甲基化水平。分析LINC00472基因甲基化水平和患者临床病理因素之间的关系。构建ROC曲线评估LINC00472基因甲基化对结直肠癌的诊断价值。  4.实时细胞分析仪(real-time cell analyzer,RTCA)、克隆形成实验、细胞划痕实验及流式细胞仪用于研究LINC00472和LINC00473的生物学功能。  结果:  1.通过对基因芯片数据的生物信息学处理及分析,我们筛选出59个在结直肠癌中上调的lncRNA和131个在结直肠癌中下调的lncRNA。其中LINC00472和LINC00473在三套芯片数据中均下调大于2倍。  2.LINC00472和LINC00473的表达水平在结直肠癌组织和细胞中都明显降低。其中LINC00472表达水平和肿瘤侵袭深度、淋巴转移情况、是否远处转移及肿瘤TNM分期有关,而LINC00473表达水平和肿瘤侵袭深度及淋巴结转移情况有关。ROC曲线显示两者的曲线下面积分别是0.680和0.670.  3.与正常癌旁组织相比,结直肠癌组织中LINC00472基因甲基化水平明显升高,而且LINC00472基因甲基化水平和其表达水平呈明显的负相关。另外,LINC00472基因甲基化水平和患者年龄、肿瘤分化程度及TNM分期有关。ROC曲线评估LINC00472基因甲基化对结直肠癌的诊断价值发现曲线下面积是0.719。  4. RTCA和克隆形成实验显示LINC00472和LINC00473能够抑制结直肠癌细胞增殖。流式细胞仪检测细胞周期表明LINC00473过表达可以使肿瘤细胞更多的阻滞于G0/G1期,导致S期细胞数量减少。相反的,沉默LINC00473表达能够使细胞周期更多的从G0/G1期过渡到S期。细胞凋亡检测发现过表达LINC00473能够促进肿瘤细胞凋亡,而沉默LINC00473表达却抑制肿瘤细胞凋亡。LINC00472下调对细胞周期和细胞凋亡不产生影响。另外,LINC00472和LINC00473均对细胞迁移无明显影响。  结论:  1.LINC00472和LINC00473在结直肠癌组织和细胞中低表达,两者可作为新的生物学标志物用于结直肠癌的诊断及预后判断。  2.与配对癌旁正常组织相比,结直肠癌组织中LINC00472基因甲基化水平升高。  3.LINC00472抑制结直肠癌细胞增殖。LINC00473抑制结直肠癌细胞增殖并且促进肿瘤细胞凋亡。
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