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社会基本医疗保险制度中的医保结算管理一直是世界性难题，控制经费与规范医疗服务、保证医疗质量如何达到平衡，一直是医疗机构及医保部门面对和探索研究的重要课题。本文以昆明市城镇职工基本医疗保险病种结算管理为例，采用定量与定性分析、利益分析、SWOT分析等研究方法，运用系统科学、公共利益、博弈论、新公共服务等理论知识，通过分析医保病种结算管理的现状及存在问题，进一步探讨医保病种支付系统中各方利益关系及矛盾冲突的成因，阐释了医保病种结算管理与临床路径结合的必要性和可行性。医、患、保三方之间存在特殊的利益博弈关系，虽然竞争和不合作是基本方面，但由于存在共同利益和共守规则，在医保病种支付与临床路径结合的情况下，可以实现医、保、患三方共赢的合作博弈。
医保病种结算办法须达到供方、需方、保方三方利益的“均衡点”，才能有效运行、可持续发展。各医保统筹地试行病种结算管理的效果并不理想，主要原因是在病种支付标准上没有达成共识，由此引发了医、患、保之间深层次的矛盾冲突。本文坚持理论与实践相结合的原则，分析政府在医保病种支付系统中应承担的角色，提出符合昆明实际的以临床路径为基础的医保病种结算管理思路：以临床路径为依据制定病种支付标准，并确定科学、合理的医用高值耗材最高限价，通过界定病种结算的进入和退出机制，使病种质量过程控制的措施得到进一步完善。基于临床路径的医保病种结算管理，有利于化解矛盾、平衡各方利益，有利于构建和谐稳定的医、患、保关系。