基于高通量测序的神经前体细胞的信息学分析和验证

来源 :中国科学院大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:lylh0628
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
神经前体细胞在人类胚胎的大脑皮层的发育过程中起到非常重要的作用,但是它具体作用的机制,尤其是神经前体细胞的生成、分裂机制和其与大脑皮层扩张之间的关联,还没有很好的解释清楚。本文拟通过改良后的生物信息学方法,对神经前体细胞相关的多个课题进行解读。我们通过对胚胎期小鼠大脑皮层的两种神经前体细胞进行高通量转录组和micRNA组测序,并在此基础上完成神经前体细胞E13.5和E15.5两个时期的与对称分裂与非对称分裂相关基因的micRNA-转录组联合分析,完成了micRNA-转录组相互关系网络,并找到了网络关系中可能与对称分裂向非对称分裂演化过程的重要基因。为了更好的解明神经前体细胞的发育,我们同样对胚胎期人类大脑皮层的三种神经前体细胞和作为对照组的成熟神经元进行高通量单细胞测序,使用三种不同的分类方法联合对可能与神经前体细胞发育相关的基因进行筛选,并从同时满足这三种分类方法的基因中通过进化树分析和物种特异性分析的进一步筛选后找到了重要的神经前体细胞oRG细胞的特异性标志性基因TMEM14B。我们同时对海马区苔藓状细胞,下丘脑侧脑室以及REST相关基因进行标志性基因的筛选工作,并探讨了两种不同的测序采样方法的优劣。在进行神经前体细胞机制分析的同时,我们对现有的用于测序数据分析的相关算法进行了一定的优化和创新,从而提高了算法的准确性,使其更贴近样品本身的生物学意义。
其他文献
历史科目是初中教学中的重要科目,学好历史对学生的全面发展有着重要的作用。本文笔者结合自身的教学经验和学习新课标的体会、实践,简单探讨课堂教学的心的。
直线法(Method of Line,或MoL)是解决电磁场问题比较有效的方法。MoL的基本思想是:结合笛卡儿坐标系中解析法和差分法,对一个n维的偏微分方程,将其中n-1维变量离散化,用差分算子近似取代微分算子,使原偏微分方程转变为一组常微分方程,最后利用解析方法求出其通解。直线法保留了解析法、数值法的精度高和适用范围宽的特点。MoL已经被用于处理很多电磁场问题,它已成为目前最有影响的方法之一。尽
自闭症谱系障碍(Autism spectrum disorder,ASD)是一种神经发育疾病,其核心病征包括社会交往障碍、重复刻板行为以及对人和事物缺乏兴趣。最近研究显示自闭症谱系障碍的实际发
椭圆偏振检测是通过分析偏振光在待测物表面反射前后偏振状态的改变来获得待测物表面所镀膜层的厚度和折射率的一种光学检测方法。目前国内利用椭圆偏振检测的仪器,厚度的分辨
绢毛杜英(Elaeocarpus nitentifolius)为杜英科杜英属(Elaeocarpus)的常绿乔木,分布于我国广东、广西、海南等省区,在越南也有分布,在广东主要分布在珠江三角洲以及粤西,是华
大豆在华南酸性红壤地区的种植有着巨大的生产潜力,然而酸性红壤地区的酸铝胁迫比较严重,已成为限制作物生长的主要因素之一。但有关土壤栽培条件下,大豆对酸铝胁迫的报道还
笔者是一所中学的英语教师,所在学校的相当一部分学生由于英语成绩不好而影响中考成绩,尽管他们考入了高中,但是实际能力并不同步,因此在英语课堂上表现消极,不愿意开口说英语。如
随着信息技术的深入发展,研发自主可控的高性能微处理器具有非常重要的意义。FT-MX处理器是国防科技大学微电子所自主研发的一款高性能低功耗的32位多核DSP芯片,芯片采用VLIW
本文以双色半实物仿真系统为研究对象,论述了双色半实物仿真系统的工作过程,并根据双色半实物仿真系统的框架,分析了主要模块的设计思路和功能。本文着重讨论了两个方面的问
果实开裂的重要意义,就是使得成熟的果实释放出种子,从而扩大后代植株的生长范围,为植物繁荣种族、提高适应性提供有利条件。但是,在农业生产方面,果实过早开裂会造成未成熟