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在实验室前期工作的基础上，本研究采用454测序技术分析了产自牡丹皮道地产区（安徽铜陵和南陵）和非道地产区（安徽亳州、山东菏泽和河南洛阳）3年生药用牡丹以及道地产区南陵1~5年生的凤丹在4个生长发育时期（次年萌芽期、花期、果期及地上部分枯萎期）的根际土壤真菌分布及多样性，探讨中药材道地性与土壤微生物的相关性，旨在为中药材道地性理论提供科学的实验证据。 本研究主要内容包括：⑴次年萌芽期、花期和地上部分枯萎期铜陵产区牡丹根际土壤真菌的物种数量最多，果期洛阳产区数量最多；次年萌芽期铜陵产区牡丹根际土壤真菌多样性最高，花期菏泽产区最高，果期和地上部分枯萎期洛阳产区最高。⑵5产区药用牡丹根际土壤中检测出的真菌隶属5门、22纲、70目、139科、266属。其中在门层次上，子囊菌门为优势菌群；在属层次上各产区不同时期优势菌群各有不同。⑶5产区中，道地产区铜陵和南陵真菌组成最为相近，群落的聚类分析相似性较高。⑷1~5年生凤丹根际土壤中，第一、四、五年真菌物种数量相对较多，第二、三年相对较少；真菌多样性水平随着凤丹种植年限的增加而呈现降低趋势。⑸1~5年生凤丹根际土壤中检测出的真菌隶属5门，19纲，68目，124科，243属。其中在门层次上，子囊菌门为优势菌群。在属层次上各年限不同时期的优势菌群不尽相同。⑹1年生次年萌芽期、果期及地上部分枯萎期、2年生花期及果期、3年生次年萌芽期、花期及地上部分枯萎期、4年生4时期和5年生次年萌芽期、果期及地上部分枯萎期的凤丹根际土壤真菌组成相近。⑺1年生次年萌芽期、花期、果期和3年生4时期及4年生花期、果期、地上部分枯萎期真菌群落聚类分析相似性较高，2年生4个时期较高，1年生地上部分枯萎期、4年生次年萌芽期和5年生4个时期较高。