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番茄(Solanum lycopersicum L.)是一种对盐胁迫敏感的园艺作物，其栽培区域盐渍化范围有逐渐扩大的趋势。番茄的发病率与土壤盐渍化有很大关系，同时盐害限制番茄的生长发育，导致产量下降。野生番茄中含有耐盐基因，因此通过对野生番茄中的耐盐基因进行定位，结合分子标记辅助选择，有助于创造优良的耐盐育种材料，提高番茄的产量和品质。研究利用来源于野生契斯曼尼番茄LA0317与栽培骨干亲本9706杂交后的130个BC2S3株系为群体，对野生契斯曼尼番茄发芽期和幼苗期的耐盐性进行QTL分析，并在盐胁迫与非胁迫环境下分别对群体的株高、茎粗、根鲜重、根干重、地上鲜重、地上千重进行了QTL分析。主要研究结果如下：
⑴选取番茄12条染色体上的458对SSR引物和551对CAPS引物进行亲本之间多态性的筛选。其中表现多态的SSR引物为83对，CAPS引物为37对。用这些多态性引物对群体进行分析，其中89对引物的带型清晰、稳定，被用于遗传连锁图谱的构建。利用Joinmap4.0构建遗传连锁图谱，图谱总长为964.7 cM，包含26个Caps标记和55个SSR标记，分布于番茄12条染色体上。
⑵对父母本及BC2S3群体种子进行发芽期和幼苗期的耐盐性鉴定，并考察盐胁迫与非胁迫环境中株高、茎粗、地上部干重、地上部鲜重、根干重、根鲜重6个重要植物学性状，结果表明发芽指数、发芽率、盐害级数及6个幼苗期植物学性状分布均呈现数量性状特征，部分株系出现超亲遗传现象。
⑶利用MapQTL4.0软件，通过MQM作图法定位番茄发芽期耐盐性QTL。利用24d发芽指数在第2、7，10、11染色体上检测到5个耐盐QTL，其中第2染色体上检测到2个QTL位点；利用24d发芽率在第1、3、8、12染色体上检测到4个QTL。BC1S3群体自交种子的发芽指数在11.00-23.00之间，经方差分析后确定GI<16.00时，群体发芽指数极显著小于对照9706(GI=19.75)，由此获得22个发芽期表型耐盐株系。对此22个株系进行基因型分析，得到发芽期表型和QTL分析均耐盐的14个株系，编号分别为6、8、10、12、14、30、32、45、57、59、82、108、110和112。
⑷在盐胁迫与非胁迫环境下分别对番茄株高、茎粗、根鲜重、根干重、地上鲜重、地上千重以及耐盐级数进行了QTL分析。盐胁迫环境中检出13个QTL：株高2个；茎粗2个；根鲜重2个；根干重2个；地上鲜重3个；地上干重2个。非盐胁迫环境中检出32个QTL：株高6个；茎粗2个；根鲜重6个；根干重6个；地上鲜重6个；地上干重6个。另外，在盐胁迫条件下利用耐盐级数定位到2个耐盐性QTL，分别位于第3、6染色体上。通过盐胁迫与非胁迫下的QTL对比研究发现，第2、3、8染色体上的QTL仅在盐胁迫条件下能检测到，第9、12染色体上的QTL仅在非盐胁迫条件下能检测到，不同性状间的QTL存在共定位现象。同时，得到幼苗期表型和QTL分析均极耐盐的5个株系，编号分别为6、11、12、102、130。