【摘 要】
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草鱼呼肠孤病毒（Grass carp reovirus，GCRV）引起的草鱼出血病每年都能引发草鱼(Ctenopharyngodon idellus)鱼种的严重出血，造成80％以上的死亡率和水产养殖业的巨大经济损失。目前，
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草鱼呼肠孤病毒（Grass carp reovirus，GCRV）引起的草鱼出血病每年都能引发草鱼(Ctenopharyngodon idellus)鱼种的严重出血，造成80％以上的死亡率和水产养殖业的巨大经济损失。目前，尚未培育出抗草鱼出血病的优良品系。草鱼性成熟时间为4～5年，利用传统育种方法得到优良的品系需要较长的时间。分子育种具有不受环境因素影响，可以进行早期选育等优势，是一种非常有效的育种方法。本研究依托草鱼基因组框架图平台，利用二代测序技术进行数字基因表达谱(Digital gene expression，DGE)分析和等位基因频率分析(Allele frequencyanalysis)来获得和筛选抗性候选基因，随后，利用基因型/表型关联分析（Genotype/phenotype correlation analysis）对抗性基因进行验证。旨在找到控制抗出血病的抗性基因，为草鱼抗病育种提供参考依据。主要研究结果如下: 1.抗性候选基因的表达谱分析 对GCRV攻毒前后草鱼的4个组织在7个时间点取样并进行表达谱测序和分析。28个表达谱共获得203 M reads，平均每个表达谱7.25±0.18 M的cleanreads。为了获得GCRV的抗性候选基因，我们将GCRV感染草鱼后2h的数据和对照组（未攻毒）相同组织的数据进行比较，寻找差异表达基因，在差异倍数≥4且FDR≤0.01的条件下，四个组织中共上调4倍以上的差异表达基因有296个。 2.抗性候选基因的等位基因频率分析 利用群体分离分析法(Bulked segregation snalysis，BSA)，以草鱼在GCRV感染后存活和死亡两个表型，建立死亡群体池、抗病群体池和一个自然群体池，每个群体池大小100尾，DNA样品等量混合。以前期表达谱测序获得的296个差异表达基因（Differentially expressed genes，DEGs）为候选基因，以草鱼基因组框架图为平台，针对候选基因的基因组序列设计引物，长度为5kb左右。对3个候选DNA池进行目标区域扩增、建立高通量测序文库并进行高通量测序。利用高通量测序数据，将两个极端表型池分别与自然群体池进行等位基因频率分析，共筛选到8个草鱼出血病抗性候选基因。 3.抗性候选基因的基因型/表型关联分析 对一个5000尾的全同胞家系进行GCRV感染攻毒，取攻毒后存活的100尾个体作为实验材料，进行8个草鱼出血病抗性候选基因的基因型/表型关联分析，找到了一个草鱼出血病的抗性基因SMTNL-2。其在感染GCRV之后存活的个体中，单倍型TAG所占的比例最高，为67％;基因型为TAG/TAG的个体存活率也最高，在群体中的存活率为51.7％。TAG/TAG作为一个优势基因型，在后续草鱼分子育种过程中应予以保留。 本研究通过表达谱分析、等位基因频率分析和基因型/表型关联分析的方法筛选到一个抗草鱼出血病的抗性相关基因，为草鱼出血病抗病育种提供基础。
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