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台湾苏铁复合体是苏铁属的一群在形态特征是交叉连续，难以划分的类群，包括台湾苏铁、海南苏铁、葫芦苏铁、念珠苏铁、四川苏铁和仙湖苏铁。本研究采用核单拷贝基因(single-copy nuclear gene，scnDNA)和微卫星(SSR)分析，对台湾苏铁复合体进行谱系地理学研究，探讨复合体几种苏铁的亲缘关系及系统地理分布格局，为其保护策略的制定提供理论依据。主要研究结果如下: 1、采用6对SSR引物对台湾苏铁复合体的18个种群，354个个体进行分析，共得到117个等位基因，平均每个位点的等位基因为19.5。结果表明台湾苏铁复合体的遗传多样性水平总体较高(I=1.332，P=97.22％)。在物种水平上，葫芦苏铁(I=2.139，P=100％)、海南苏铁(I=1.935，P=100％)和念珠苏铁(I=1.986，P=100％)的遗传多样性较高，而仙湖苏铁(I=0.748，P=100％)、台湾苏铁(I=0.578，P=83.33％)及四川苏铁(I=0.0.609，P=100％)的遗传多样性较低。台湾苏铁复合体及各种的遗传多样性主要存在于种群内。仙湖苏铁大部分种群近期经历了瓶颈效应。 2、选用2个核单拷贝基因片段（XM_002314957.1和FJ393265.1）对台湾苏铁复合体的17个种群，172个个体进行分析，共扩增出65个变异位点，构成102个单倍型。结果表明台湾苏铁复合体各物种的遗传多样性水平总体较高:单倍型多样性(Hd)为0.970，核苷酸多样性(Pi)为0.0039。在物种水平上，念珠苏铁(Hd=0.9048，Pi=0.0023)、海南苏铁(Hd=0.9687，Pi=0.00286)和葫芦苏铁(Hd=0.971，Pi=0.0033)的遗传多样性较高，仙湖苏铁(Hd=0.8007，Pi=0.0023)、四川苏铁(Hd=0.6494，Pi=0.0021)和台湾苏铁(Hd=0.6970，Pi=0.0021)的遗传多样性较低。在种群水平上，念珠苏铁的LING1种群单倍型多样性最高(Hd=0.9697)，海南苏铁的HAI1种群核苷酸多样性最高(Pi=0.0033)，仙湖苏铁的FAIRY4种群和FAIRY5种群遗传多样性最低(Hd=0.5238，Pi=0.0006)。分子方差分析(AMOVA)显示:台湾苏铁复合体的遗传多样性主要在种群内（仅仙湖苏铁的遗传多样性大部分在种群间）。 单倍型谱系分析表明，台湾苏铁复合体有广泛分布的古老单倍型H27，各物种可能有共同的起源;在第四纪冰期时，大陆与海南省之间形成了陆桥，台湾苏铁复合体各种群可能通过陆桥进行扩散;海南苏铁和葫芦苏铁经历过种群扩张。 3、综合SSR聚类分析、核单拷贝基因的单倍型及系统发育分析的结果，我们建议把台湾苏铁复合体分为4个种:台湾苏铁、葫芦苏铁、海南苏铁（念珠苏铁可归并到海南苏铁）和四川苏铁（包括四川苏铁和仙湖苏铁两个亚种）。 4、台湾苏铁复合体的保护策略应以就地保护为主，迁地保护为辅。对海南苏铁、念珠苏铁和葫芦苏铁宜采用就地保护其野生种群及生境的策略，防止盗挖。对仙湖苏铁和台湾苏铁宜采用就地保护与迁地保护相结合的策略，在保护野生种群（或个体）及其生境的基础上，对一些易被破坏或灭绝的种群（或个体）进行迁地保护。四川苏铁只能迁地保护，以防栽培个体灭绝。需要优先（或重点）保护的单元是:念珠苏铁的2个种群、葫芦苏铁的4个种群、海南苏铁的HAI1种群和HAI2种群、仙湖苏铁的FAIRY1种群和台湾苏铁的野生植株。