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微囊藻是全球广泛分布的蓝藻属种，能够在合适的条件下大量繁殖并上浮或堆积于水体表面，形成水华，影响淡水生态系统的结构和功能，损减水质，以微囊藻水华为主要形式的蓝藻水华成为全球持续关注的水环境和水生态问题。微囊藻水华是由不同形态种与其它伴生微生物，包括其它藻类及细菌组成的复杂的生物微群落。鉴于微囊藻不同种类存在典型的季节演替和生态适应性差异，研究微囊藻及其伴生微生物之间的相互关系及作用方式，有助于加深认识微囊藻的生理和生态适应性，阐释水华的生消过程及其机制;也有助于认识由微囊藻水华和细菌共同介导的对水体生态系统结构和功能的影响。 本研究选取太湖、滇池这两个富营养化的浅水湖泊，调查了表层水体中的浮游植物的种类组成及丰度、细菌群落组成、微囊藻形态种及理化因子，分析了理化因子、浮游植物与细菌间的相关关系。虽然依据时空动态变化调查分析能够获得微囊藻形态种与伴生微生物相关性结果，但难以确定不同微囊藻形态种与伴生微生物的相互关系具有种属特异性。因此，本研究采用单个群体显微分离及集团检验等方法，检测了两种微囊藻形态种的附着微生物是否存在差异，以确定形态种与微生物的关系是否是导致微囊藻组成与细菌群落动态变化的相关性的原因之一。 主要内容及结果如下: 1.对太湖、滇池浮游植物的调查表明:在水华发生期间，除优势种微囊藻外，还伴随着念珠藻科（Nostocaceae）、伪鱼腥藻（Pseudanabaena）、Phormidaceae Stramenopiles等藻类、以及微囊藻形态种的动态变化。太湖、滇池不同时期微囊藻优势形态种存在差异:太湖6-7月份微囊藻水华暴发初期以水华微囊藻为主，8-9月份水华高峰期铜绿微囊藻与惠氏微囊藻占优势，10-11月份绿色微囊藻比例升高，12-1月份水华微囊藻占绝对优势;滇池微囊藻的优势种为惠氏微囊藻与绿色微囊藻。太湖微囊藻形态种组成变化与浮游植物动态变化相关，Pseudanabaena与铜绿微囊藻正相关。太湖夏秋季节浮游植物群落结构与营养盐浓度相关;滇池浮游植物群落结构与温度、pH与TN∶TP相关。 2.对太湖、滇池浮游细菌群落结构动态变化的调查表明:太湖细菌群落结构与微囊藻形态组成、浮游植物群落结构相关;滇池细菌群落结构与浮游植物、温度、pH及营养盐水平等相关，而与惠氏微囊藻、绿色微囊藻比例无显著相关性。太湖Pseudanabaena，Phenylobacterium和铜绿微囊藻(Microcystis aeruginosa，M.a)三者间相互呈正相关关系:Xanthomonadales与惠氏微囊藻(Microcystis wesenbergii,M.w.)呈正相关。滇池Alcaligenaceae和A4b（Chloroflexi）与叶绿素浓度正相关。 3.对太湖、滇池附着细菌与游离细菌群落结构的调查表明:附着细菌与游离细菌群落结构存在差异。Actinobacteria在游离细菌中比例较高，而Gammaproteobacteria、Flavobacteria、Sphingobacteria、Cytophagia、Phenylobacterium、Alcaligenaceae、Clostridiales和A4b在附着细菌中比例较在游离细菌中高。 4.对铜绿微囊藻、惠氏微囊藻种群水平附着微生物的检测结果表明:同一生境中，铜绿微囊藻和惠氏微囊藻种群附着微生物存在差异。同一微囊藻形态种附着微生物存在时空差异。在太湖、滇池中，Cytophagaceae在铜绿微囊藻附着细菌群落中比例较高，Rhodobacter、Xanthomonadales在惠氏微囊藻附着细菌群落中比例较高。Pseudanabaena与Phenylobacterium在滇池铜绿微囊藻中的相对数量大于在滇池惠氏微囊藻中的相对数量;A4b在滇池惠氏微囊藻群体中相对数量较高，而在铜绿微囊藻群体中相对数量较低。 本研究的创新性为利用集团抽样及Illumina测序，证明不同微囊藻形态种种群附着微生物，不论在种群水平还是在群落水平均存在差异，且此差异能够影响微生物与微囊藻形态种在水体中的动态变化相关性。本研究对认识微囊藻种属特异性、富营养化湖泊中浮游微生物动态变化规律以及微囊藻水华中特定微囊藻种属的生消过程具有一定意义。