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发展农业和农村经济、增加农民收入是现阶段我国各级财政工作的重中之重。近年来国家对支农资金的投入持续增长，但财政支农资金管理和使用的效益令人堪忧。作为国家支持农业可持续发展的重要方面，财政支农资金不仅要在量上有所增长，更重要的是要保证支农资金的安全、可靠、及时高效地使用，以提高支农资金使用的效率和效益。当前在我国开展财政支农资金绩效审计，不仅是加强支农资金管理水平、优化支农支出结构、提高资金使用效益的有效途径，也是顺应、落实党中央、国务院提出的“社会主义新农村建设”和“全面建设小康社会”等战略任务的重要工作，是政府审计在新时期面临的工作重点之一，也符合国际上政府审计发展的必然趋势。
本文综合运用绩效审计的基本理论和财政支农资金的相关理论，通过对当前财政支农资金使用、管理中存在的问题分析，提出了开展财政支农资金绩效审计的必要性。引入委托代理理论、外部效应理论、公共产品理论和资源有效配置理论作为理论支持，对财政支农资金绩效审计的目标和内容进行了界定，在此基础上提出了支农资金绩效审计的总体目标和具体目标，并以经济性、效率性和效果性为核心，以分配效益、结构效益、使用效益和社会生态效益四大效益为作为支农资金绩效审计的主要内容，构建了相应的支农资金绩效审计综合评价指标体系，系统阐述了支农资金绩效审计的综合评价方法及支农资金绩效审计的报告框架，最后利用某县财政支农资金绩效审计资料进行案例分析，通过个案分析验证了绩效审计综合评价指标体系的实用性，充实了支农资金绩效审计理论研究的内容。
随着经济的发展，支农资金绩效审计的目标将由以经济效益为主，转变为经济效益与社会生态效益相结合，近期效益与可持续发展相互支持，局部效益与全局效益相协调的审计整合机制。财政支农资金绩效审计的理论研究和实务探索是一项艰巨的任务，需要社会各界的支持与参与，本文对财政支农绩效审计的业务研究，期望在财政支农资金绩效审计理论的完善和实践的指导方面有新的突破，对今后我国政府绩效审计的开展能提供一些帮助。