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大泷六线鱼(Hexagramms otakii,Fat greenling),别称欧式六线鱼,是近海冷温性底层鱼类,分布范围主要集中于太平洋西北部的近海岩礁底层,是一种十分具有发展潜力的经济鱼种。本研究针对大泷六线鱼,首先利用线粒体标记,分析了不同地理群体间、野生和养殖群体间的多态性差别及亲缘关系,并进一步利用2b-RAD技术结合高通量测序,开发了大泷六线鱼与生长发育相关的SSR标记20个和SNP标记21个,并进行了 SNP标记与生长发育性状的相关性分析。利用线粒体DNA的细胞色素b(cytb)和控制区(D-loop)的部分序列研究大泷六线鱼4个群体(包括野生和养殖群体)的遗传多样性。PCR扩增后分别得到365 bp(cytb)和387 bp(D-loop)的碱基序列。Mega计算结果显示cytb中A+T的含量(52.6%)高于G+C的含量(47.3%);D-loop中A+T的含量(69.3%)同样高于G+C的含量(30.7%)。4个群体平均的变异位点、单倍型数、单倍型多样性、核苷酸多样性及平均核苷酸差异数,cytb基因分别为10,7.75,0.739,0.007 3 和 2.656;D-loop 区分别为为 18.25,12.75,0.846,0.012 1 和 4.673。4个群体的遗传多样性由高到低分别为舟山、大连、琅琊台、即墨养殖群体,养殖群体的多样性低于野生群体。基于野生群体cytb和D-loop的分子变异分析(AMOVA)得出的Fst分别为0.3186和0.2714,显示了变异主要发生在群体内部。基于Kimura 2-parameter模型构建的NJ树结果表明3个野生群体间没有显著的分化。线粒体cytb基因和D-loop区均可作为检测大泷六线鱼遗传多样性的有效标记。2b-RAD技术与高通量测序结合,对大泷六线鱼进行简化基因组测序,共产生4,366,696个reads,测序碱基数2,183,348,000bq,测序质量Q20为87.6%,Q30为83.11%。共测得847,818条序列标签,序列标签总长度26,948,6497bp的。共发现了 130494个SSR位点。经blast比对,筛选其中稳定扩增并与生长发育相关的位点,在大泷六线鱼中筛选得到20个微卫星位点,并分别在来自四个群体的105尾大泷六线鱼中进行扩增,毛细管电泳检测其多态性。20个位点的等位基因数从8个到26个不等,平均19.95个。PIC平均值为0.7555,从0.1659到0.9227。观测杂合度和期望杂合度分别为观测杂合度0.0667～0.8571和0.1710～0.9314。除H06位点外其余19个位点均具有较高的多态性。将开发的20个微卫星位点在相近物种,30尾斑头六线鱼中进行微卫星位点扩增,其中10个微卫星位点(HO1,H03,H04,H05,H09,H014,H017,H018,H019,HO20)可以在斑头六线鱼中进行扩增。实验共发现158,733个SNP,通过blast比对筛选其中与生长发育相关且位于编码区域的SNP位点,共得到21个SNP位点,并在138尾大泷六线鱼个体中进行了验证。结果显示,其中17个位点具有多态性,观测杂合度平均值0.2666,分布大小从0.0687到0.5115,期望杂合度从0.0666到0.6815,平均值0.3005。HOS2、HOS6、HOS14三个位点偏离HW平衡,HOS19最小等位基因频率小于0.05,得到的17个多态性位点中13个具有深入研究的价值,可以用于大泷六线鱼多态性检测以及其他遗传学数据的分析。关联性分析得出HOS17的GG基因型对于体重增长有着显著性影响,HOS13的TT基因型与HOS21的GA基因型与该位点的其它基因型相比,对体长增长有着显著性影响,HOS18的TT基因型则对体重体长增长都有影响,对体长增长有及其显著的影响。