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科研院所的企业化改制，是我国科技体制改革的重要组成部分。自1999年以来，对国家部委到地方省市所属的科研院所先后进行了“企业化改制”，引入企业的管理制度和管理方式，并采取多种形式来推进企业化改制工作，比如整体转制成为企业，院所与企业联合或并入企业等。改制以后，科研院所企业化改制后的效果评价自然成为关注焦点。而现有文献对科研院所改制效果评价相对缺乏深入的研究，评价的指标和方法比较单一，难以揭示科研院所改制发展过程中存在的深层次问题。
效率是研究某一对象发展状况的一个非常重要的综合指标，使用效率指标来评价科研院所是否可行?改制后的科研院所的效率如何?哪些因素对科研院所的效率有着重要的影响?
基于对以上问题的兴趣，本文对现有效率方面的研究文献进行了回顾，发现目前关于效率的研究主要集中在企业和行业上，而使用效率对科研机构进行评价的文章还不多。有些学者认为科研机构的效率评价完全可以借鉴对机构的经济效率评价方法。因此，本文使用科研院所的统计数据，使用多种方法对科研院所效率及其影响因素进行了深入研究。
最后得到以下结论：
(1)科研院所整体的纯技术效率比较低且变动幅度较大。
(2)科研院所效率的提高主要得益于技术效率的进步，大部分科研院所的生产技术呈现衰退的趋势，科研院所普遍存在着创新能力不足的问题。
(3)人力资本与研发经费与科研院所效率存在显著的正相关关系，而科研院所的总资产额与其效率之间存在显著的负相关关系，股权结构对于科研院所效率的影响并不显著。
在以上分析的基础上，本文提出了提升科研院所效率的相关政策与建议。