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座囊菌目(Dotludeales)和葡萄座腔菌目(Botryosphaeriales)包含大量植物病原菌以及有经济价值的真菌，是腔子囊菌的重要类群，存在大量需要解决的分类和系统学问题，我国缺乏对两目的全面研究。
采用现代分类观点，本文作者对保存在中国科学院微生物研究所菌物标本馆(HMAS)原归于上述两个目的12个属41个种的105份标本进行了分类和命名方面的清理与订正。结果表明，它们隶属于座囊菌目和葡萄座腔菌目及其它腔子囊菌的11个属24个种，其中新种7个：榕球座菌(Guignardia ficl)棱果榕球座菌(G.fici-septicae)、樟球座菌(G.linderae)、木薯球座菌(G.manihoticola)、火炭母草球座菌(G。polygoni-chinensis)、菝契生球座菌(G.smilacicola)、番石榴小萨氏腔菌(Saccardoellapsidiicola)，新组合1个：海南麻球腔菌[Byssosphaeria hainanensis(Teng)W.Y.Li& W.Y。Zhuang]，中国新记录属1个、新纪录种4个，并将6个种排除出座囊菌纲。对2004-2006年期间在福建、海南、湖北、江西、云南、浙江及北京等地采集子囊菌标本650余份，对其中300余份进行了初步鉴定，并对其中代表性类群进行单孢分离，获得腔子囊菌的纯培养菌株150株，从而确定了部分种有性型和无性型之间的对应关系，并为分子系统学研究创造了条件。鉴定出两个目的真菌6属13种，其中新种1个：天目山普氏腔菌(Plowrightia tianmuensis)，中国新记录属2个，中国新记录种3个。本文报道我国座囊菌目和葡萄座腔菌目15属34种，其中新种8个，新组合1个，中国新记录种7个；提供了上述种的详细形态描述和图示，部分种的培养特性，以及座囊菌目和葡萄座腔菌目的分科、分属检索表。
从分子系统学的角度对座囊菌目和葡萄座腔菌目及其相关类群的属间亲缘关系进行了探讨。以21个属33个种的核糖体小亚基基因(SSU rDNA)的46个序列片段以及19个属35个种的核糖体大亚基基因(LSU rDNA)的43个序列片段作为分子标记，采用邻接法、简约法探讨两个目及相关类群属间的亲缘关系。结果表明，所有供试类群形成三个分支，座囊菌目和葡萄座腔菌目各自形成独立的分支，并为单起源。与形态分类有一些差异，普氏腔菌属(Plowrightia)的成员分布在不同的分支上，该属可能是一个多源类群。同时，对2个分类地位难以确定的属大聚颈腔菌属(Macrovalsaria)和毡球壳属(Neopeckia)的系统学地位进行了探讨，前者与葡萄座腔菌目关系接近，后者与座囊菌目接近。以ITS1-5.8S-ITS2 rDNA作为分子标记，采用邻接法和简约法对葡萄座腔菌属(Botryosphaeria)的种间关系进行了探讨，结果显示Botryosphaeria是多谱系的，可分为五个分支，每个分支代表不同的无性型属。受材料以及可利用序列的限制，本研究仅涉及了座囊菌目和葡萄座腔菌目中十分有限的属、种，在此基础上，收集更多、更全面的材料，深入进行多基因序列分析，将为建立趋于自然座囊菌目和葡萄座腔菌目的分类系统提供更加充足的科学依据。