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基本农田是按照一定时期人口和社会经济发展对农产品需求的预测，依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地，是中国老百姓口中的“吃饭田、保命田”。自1994年，国家颁布《基本农田保护条例》正式确立基本农田保护制度后，国家对“吃饭田、保命田”的管制越来越严格。但是纵观我国基本农田保护的效果：基本农田数量大量减少，质量急速下降，基本农田弃耕、搭荒的现象较普遍，而且大多数用以保证基本农田旱涝保收的农田水利基础设施由于长期缺乏管护，大都处于毁损状态，这些均说明当前我国的基本农田保护制度实施效果并不理想。基本农田的数量减少是显性的，但是质量减少是隐性的，数量减少可以通过相关的行政法律手段去管制，但质量的减少却无法用行政法律手段去管制，因此针对基本农田的质量减少的治理更是今后基本农田保护的重点．
其实仔细研究当前我国对基本农田管护的手段，可以看出我国对基本农田的管护重在管理，轻视护理，即重视以行政、法律的手段强调地方政府及农民的保护基本农田的义务，但是轻视以经济手段从利益方面促使基本农田的实际实用者一一农户在日常的耕作中采取有效的措施对基本农田加以护理。农户参与基本农田保护，向社会提供了正的外部性，如粮食安全、生态安全等功能，同时农户在参与基本农田保护的过程中，其不但要承担参与基本农田保护而减少的其他就业机会的利益损失，同时也要承担基本农田发展权受限的损失。但在实际的基本农田保护利用中，农户做出的贡献及承担的损失，国家和社会并没有通过任何形式去补偿。因此在比较利益的促使下，农户自然会采取不利基本农田保护的手段去利用基本农田，对基本农田保护并不热衷。因此没有基本农田实际利用者一一农户参与的基本农田保护，是一个保护主体或者说建设主体残缺的工程，其实际运行效果自然会大打折扣．
基本农田保护工程是一项综合的系统工程，需要各相关保护主体的积极配合和广泛参与，农户作为基本农田保护的执行主体，其实际执行力度直接影响到基本农田保护工程的运作效果．因此，针对基本农田保护过程中农户的贡献和损失，国家和社会应从利益激励方面出发，制定相应的经济补偿手段去激励广大农户主动的参与到基本农田保护中去，是当前急需解决的热点问题。本研究针对这一现实，运用资源经济学、法学的相关理论与方法，对基本农田保护的过程中的农户的贡献与损失进行计量，并结合相应的农户问卷，建立了基本农田保护的农户利益经济补偿标准，并构建了相应的经济补偿机制。
本研究被分为九章，主要分为三大部分：第一部分是解决为什么要补偿，第二部分是解决如何补偿，第三部分是对上述的研究总结出结论并提出相关的政策建议。
其中第一部分包括第一章至第四章，第一章为导论，第二章为国内外研究动态，第三章为相关概念界定及理论基础的阐述，第四章是对我国基本农田保护现状及存在的问题进行探讨。通过对我国耕地保护现状的阐述及基本农田承担的重要粮食安全功能的分析，明确了我国基本农田保护的重要性及基本农田保护的重点是在质量；随后通过对基本农田保护内涵、相关主体及外部性的经济补偿、土地发展权内涵及价格评估方面回顾与评价了国内外相关的研究动态，得出当前关于建立农户基本农田保护的经济补偿的研究在我国仍处缺失状态的结论。由于本文重点对参与基本农田保护的农户补偿，而并未包括一般耕地的农户，因此在第三章的基本概念界定及经济补偿理论基础中，从基本农田与一般耕地的总体质量、区位条件与管制及审批手段上，简单分析了两者的区别。最后在第四章，回顾了我国的基本农田保护历程，指出至今我国已形成较为完善的基本农田保护制度体系，但至今基本农田保护并不理想，主要原因在于制度自身存在缺陷以及执行过程中缺乏利益激励，最后提出了相应措施。
第二部分包括第五章至第八章。针对前面的基本农田保护不理想的结论，本研究提出要建立促进农户基本农田保护积极性的经济补偿机制。如何建立，需要借鉴当前国内外相关的耕地保护农户利益补偿政策，因此第五章针对国外和国内典型国家和地区的直接和间接的耕地保护的农户利益补偿政策进行分析，并得出相关结论；第六章主要对基奉农田保护的农户意愿及影响因素进行了分析，农户基本农田保护的意愿不强烈同样也验证了前述农户缺乏基本农田保护主动性的论断，而影响农户基本农田保护的因素的确定则提供了如何提高农户基本农田保护积极性的方法；第七章本研究主要是从基本农田保护的外部性及基本农田的发展权方面，对农户在基本农田保护的过程中做出的贡献及承担的损失进行计量，并据此建立基本农田保护的农户利益经济补偿理论标准模型；第八章通过结合实证，对全国10个粮食主产区的农户基本农田保护利益经济补偿理论标准进行了测算，并针对1198份有效问卷确定了农户的意愿补偿标准，并通过多元统计回归分析，确定了农户基本农田保护的受偿意愿主要影响因素，这些主要影响因素是接下来制定制度政策的依据。随后通过对国家财力的分析，确定了当前可行的农户基本农田保护利益经济补偿标准。
在上述研究的基础上，本论文第九章得出如下主要结论：
(1)现行的基本农田保护注重以行政命令的手段强化衣户基本农田的义务，而对其相应的权利却缺乏应有的明确和激励，农户作为基本农田保护的微观执行主体，一直被排斥在基本农田保护权利范围外，因此其对国家的基本农田保护并不热衷，导致实际基本农田制度体系运行效果不理想。要想提高农户参与基本农田保护的积极性，要给予农户保护基本农田的利益激励，采用经济补偿的手段促使农户主动参与基本农田保护。
(2)基本农田作为一种自然资源，对于社会来说，其具有经济产出功能、社会保障功能、社会稳定功能及生态服务功能，相应的其价值就体现为经济价值、社会价值、生态价值。农户参与基本农田保护为社会提供的外部性主要是社会稳定和生态服务价值，因此在具体的补偿中国家和社会要针对这两项进行补偿。本研究在上述分析基础上，以全国10个粮食主产区为例，测算出国家和社会应针对农户提供的外部性贡献补偿值为3268.27元/亩*年。
(3)为确保国家的粮食安全，基本农田受到国家的严格用途管制，转用审批的成本较大，发展权受到严格限制，主要体现在两个层次：第一层是严禁农业内部结构调整造成的发展权损失；第二层是限制向高收益的建设用地调整造成的发展权损失，因此在对全国10个粮食主产区基本农田发展权损失测算的基础上，确定国家和社会应对农户参与基本农田保护而蒙受的基本农田发展权收益损失为1704.52元/亩*年。
(4)根据研究区1198份问卷调查，基本农田保护的农户意愿受偿量集中分布在100至1000元/亩*年内，通过运用算术平均数法，本研究确定农户的意愿受偿量为546.93元/亩*年，远低于以外部性和发展权理论为基础测算的理论补偿值。但综合考虑多种因素，本研究最终确定研究区基本农田保护的农户经济补偿标准为500元/亩*年。研究区农户的基本农田受偿意愿主要受农户的年龄、文化水平及人均耕地水平的影响，这三个因素在5％的水上显著，农户的种粮入占家庭总收入比及居住地区位对农户受偿意愿的影响在10%的水平上显著，而农户性别及对产权的认识对基本农田保护受偿意愿的影响并不显著。
(5)中央政府和省级政府作为基本农田保护的最大受益者是基本农田保护的农户补偿的补偿主体，而基本农田的实际利用者农户则是在基本农田保护过程中承担贡献与损失的执行主体，其是受偿主体。补偿资金的筹集主要以财政转移支付为主，其他方式如税费附加、发行生态彩票为辅，补偿资金的发放应以农户实际承包的基本农田数量计算按年发放，同时各级人民政府应加强动态巡查，对不履行基本农田保护义务的农户予以征罚，并收回相应的补偿金。
基于上述结论，本研究对确保今后基本农田保护工程及农户利益经济补偿实施提出了一些有益建议：明确基本农田保护主体类型，严格界定各自权利与责任；提高农民文化素质，加大政策宣传力度，强化其基本农田保护观念；逐步建立农村社会保障体系，促进农村土地功能由保障向资本转变；加大农业补贴力度，实施农业生态补偿；科学合理评估耕地价值，建立基本农田保护科学价值观；建立基本农田保护外部性补偿的激励和约束机制，促进外部性内部化；创设基本农田发展权，实行可转移的发展权制度；稳妥推进基本农田整治，加强基本农田基础设施建设；建立基本农田保护实施效果动态监测评价体系。