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为了解清水江斑鳜(Siniperca scherzeri)种质资源现状,本研究基于线粒体DNA D-loop区基因和Cytb基因标记技术并结合微卫星标记技术,对清水江的凯里、剑河、锦屏、远口、台盘、南哨、三江镇和大同等8个站点的斑鳜种群(185尾)遗传结构及其遗传多样性进行研究,得到如下结果:1.基于线粒体DNA D-loop区基因遗传分析结果:清水江斑鳜种群碱基A、T、C、G的平均含量分别为33.9%、29.9%、20.3%和15.8%;终止序列区是D-loop区3个区段中位点突变最活跃区域,变异位点数多达31个(占70.45%);185条基因序列共定义了35个单倍型,检测出44个碱基替换位点,无碱基插入/缺失,转换/颠换比为4.5。单倍型分布上,干流种群的单倍型数比支流多,中游比上游和下游的多;Hap 1、Hap 7和Hap 16代表83个个体(占总个体数的44.9%),是清水江斑鳜单倍型分布最广的优势种群,虽也有少数个体已分化成独特的单倍型类型,但整个流域斑鳜种群无严格的单倍型地理分布格局。遗传距离、遗传分化系数和核苷酸多样性指数结果显示,上游凯里种群拥有最高的遗传变异和遗传多样性,中游的锦屏三板溪种群的遗传变异和多样性水平最低。综合分析揭示,清水江斑鳜种群无单倍型地理分布格局,遗传变异程度不高,遗传多样性丰富,无种群扩张史,种群结构稳定,可视为一个有效种群。2.基于线粒体DNA Cytb基因的遗传分析结果:清水江8个斑鳜种群的碱基A、T、C、G平均含量为24.30%、27.44%、15.34%、39.32%,群间个碱基含量基本无差别,A+T和C+G平均含量为51.74%、48.26%,具有明显偏倚性;185条序列共定义了24个单倍型,共有24多态位点,其中简约信息位点17个,单突变位点7个,21个非同义突变,3个同义突变。站点或流域间,单倍型的分布也是干流比支流的单倍型多样性要高,中游比上下游高。Hap6是分布最广和代表的个体最多的单倍型,其次是Hap4、Hap5、Hap7和Hap8,它们共同组成清水江的优势单倍型种群。种群内和种群间遗传变异处于同一水平,遗传变异速率较上述控制区要低得多,彼此间无明显的遗传分歧。综合表明,清水江斑鳜种群的Ctyb基因也无单倍型地理分布格局,遗传变异程度不高,低核苷酸多样性贫乏,无种群历史扩张。3.基于微卫星(SSR)标记结果:利用筛选出的12个具有多态性的微卫星位点进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳后分析和Hardy-Weinberg平衡检验表明,清水江8个斑鳜种群属于随机交配种群;各种群的多态性信息含量分别为凯里种群为0.6506,剑河种群为0.6700,锦屏种群为0.6957,远口种群为0.6957,台盘种群为0.6643,南哨种群为0.6080,三江镇种群为0.4373,大同种群为0.4644;清水江整个种群的平均观测杂合度为0.2605,平均期望杂合度为0.7798,香农指数为1.6466,平均等位基因为4.6269个,平均有效等位基因为3.6179个。综合以上遗传多样性参数表明,清水江斑鳜种群具有较高的遗传多样性。综上所述,目前清水江斑鳜种群间不存在地理隔离、无严重的遗传分歧,彼此间基因交流畅通,无种群扩张史,属于一个遗传组成多样、遗传多样性丰富、种群结构稳定的有效群体。