我国中东部地区紫藤、紫荆、紫穗槐根瘤菌的多相分类及系统发育研究

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该文采用数值分类、16S rDNA PCR-PRLP、23S rDNA PCR-PRLP、16S rDNA全序列分析、G+Cmol%测定、DNA-DNA同源性分析、回接结瘤试验及nodA、nifH探针杂交等多相分类技术,系统地对分离自中国中、东部地区的木本豆科植物紫荆、紫藤、紫穗槐根瘤菌进行了分类学和系统发育学研究.对55株来自三种宿主的菌株及15株参比菌株进行的数值分类结果表明:在82%相似水平上测定菌株被分成7个群.群1、2、3菌株(宿主以紫穗槐为主)为中慢生菌群,其中群2、群3为不包括已知参比群的独立群;群4、5菌株(宿主为紫穗槐和紫荆)为慢生菌群,其中群5为不包括已知参比菌的独立群;群6、7菌株(宿主为紫藤)为快生菌群,其中群7为不包括已知参比菌的独立群.表型性状特征测定显示,分离自紫藤的根瘤菌与其它两种宿主的根瘤菌相比具有较为突出的抗逆能力,例如耐盐(2~3%)、耐碱(pH11.0)、耐某些种类高浓度的抗生素(100~300μg/ml)等.但其中有些分离自紫藤的菌株具有土壤杆菌(A.tumeficiens)的某些表型性状特征.对三种宿主的菌株及21株标准菌株所进行的16S rDNA PCR-RFLP和23S rDNA PCR-RFLP分析结果表明:两种方法在属水平上的分群结果相吻合.其中16S rDNA PCR-RFLP在92%相似水平上分为7个群,与数值分类在82%相似水平上的聚类结果基本相符.分离自紫荆的菌株较其它两种宿主的菌株在这两种方法上所产生的遗传图谱类型表现的最为复杂,表明来自紫荆根瘤的菌株间存在着遗传上的极大多样性.对数值分类聚类群2~7的中心菌株进行了基于16S rDNA全序列的系统发育学地位分析,结果显示:CCBAU21244、CCBAU21218处于Rhizobium—Agrobacterium系统发育分支内;CCBAU410172和CCBAU25219处于Mesorhizobium系统发育分支内;CCBAU43107和CCBAU28301处于Bradyrhizobium系统发育分支内,表明它们所代表的菌群分别属于各自的根瘤菌属,并与16S rDNA PCR-PFLP和23S rDNA PCR-PFLP的聚类结果相符.基因组DNA碱基组成和DNA—DNA杂交同源性测定结果显示:数值分类聚类群中心菌株CCBAU21244、CCBAU21218、CCBAU410172、CCBAU43107和CCBAU28301的G+Cmol%分别是64.7%、59.1%、61.2%、64.3%、63.1%,分别与其各自所处菌属的G+Cmol%范围相符.数值分类聚类群2经DNA-DNA杂交证明为一个DNA同源群,其中心菌株CCBAU410172与Mesorhizobium属内各已知种模式菌株间的DNA同源率低于70%,表明该同源群是一个新种群;数值分类聚类群5经DNA-DNA杂交证明也为一个DNA同源群,其中心菌株CCBAU28301与Bradyrhizobium内各已知种模式菌株间的DNA同源率低于70%,也可定为一个新种.数值分类聚类群6具有土壤杆菌的某些表型性状和遗传性状特征,并且其中心菌株CCBAU21244与Ag.vitisIAM14140的同源率为72.9%.但回接结瘤试验和nodA、nifH Southern杂交试验结果表明,它们属于根瘤菌.过去的分类研究结果显示,有几个种在Rhizobium和Agrobacterium中是相互交叉的,但尚未出现根瘤菌与土壤杆菌同属一个种的情况.
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