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农村合作医疗是我国农村医疗保障的基本形式，是对广大农民实行医疗保障与卫生服务合二为一的一项基本制度。总体来看，十六大以来在建设社会主义和谐社会和社会主义新农村的时代背景下，农村合作医疗制度研究越来越深入和系统，理论框架愈益走向整合，学科范围愈益趋于多元。但毋庸置疑的是，当前农村合作医疗制度研究上仍然存在着研究领域泛化、研究理念理想化与研究视角单一化问题。所以，农村合作医疗制度的研究必须重视基本理论建设，关注现实中国的农村合作医疗制度的实践，实现研究的理论品质和实践品质的共同提升。
本文力图对已有农村合作医疗制度的研究成果进行深入整理，从农村合作医疗制度变迁与重构的研究视角出发，借鉴和整合农村社会学、社会保障学，制度经济学和公共政策学等学科相关理论，将农村合作医疗制度置于中国经济社会发展历史进程的不同阶段加以整体考量，运用历史研究方法和比较研究方法，从纵横两条线清晰地勾勒出传统农村合作医疗制度兴盛与衰落的演变轨迹，以及新型农村合作医疗制度断裂与重构的建构进程，深刻分析我国非均衡发展现状与新型农村合作医疗制度统一性实践的内在矛盾，并在此基础上通过比较实证研究，系统指出三种新型农村合作医疗制度实践模式之比较共同性差异性成就与问题。新型农村合作医疗制度经过多年的试点，目前已覆盖全国绝大部分地区。但是，由于经济社会发展很不平衡，本文提出新型农村作医疗制度的实施一定要因地制宜，政策制度要符合当地实际，以此推动新型农村作医疗制度的可持续发展。
本文研究的主要内容包括：第一，传统农村合作医疗制度兴盛与衰落的演变轨迹。通过历史文献研究，重点考察人民公社时期传统农村合作医疗制度产生和兴盛的体制原因，着重分析传统农村合作医疗制度的主要特征与社会功能，深入探讨家庭经营时期传统农村合作医疗制度衰落的原因及其社会后果。第二，新型农村合作医疗制度断裂与重构的建构进程。首先深刻指出农村合作医疗制度的艰难恢复和断裂代价，重点梳理了新型农村合作医疗制度框架与政策演化的重构理路，同时指出当前我国新型农村合作医疗制度建构实践的基本经验以及面临的主要困境。第三，非均衡发展条件下的新型农村合作医疗制度建构实践与运行机制实证和比较研究。从区域横向的角度比较研究当下我国经济社会非均衡发展条件下东中西部三地新型农村合作医疗制度建构实践、特点及其运行机制(包括资金筹集、分配补偿、监督管理等)，重点考察区域经济社会发展水平与新型农村合作医疗制度的关系，对东中西部新型农村合作医疗制度供给进行客观评价。第四，非均衡条件下新型农村合作医疗制度可持续发展的政策建议。重点探讨非均衡发展现状与新农合制度统一性实践的矛盾，并提出非均衡发展条件下新型农村合作医疗制度可持续发展的非均衡模式选择，深入分析新型农村合作医疗制度可持续发展的主体框架及行为优化的方式和路径，创新新型农村合作医疗制度可持续发展的运行机制，主要包括新型农村合作医疗制度筹资机制创新、补偿机制创新、监管机制创新、评价机制创新。
本文的创新之处在于：第一，本文认为，推进新型农村合作医疗制度的可持续发展是我国推进基本公共服务均等化的题中应有之义，而且必须放在突出的位置予以优先解决，因此必须明确新型农村合作医疗制度可持续发展的政府承担主导责任的必然性及对政府主体行为进行优化的基本政策路径。第二，本文认为，非均衡发展是经济发展的必然结果和空间变迁的表现形式，从多元学科和多维理论出发，将农村合作医疗制度置于中国经济社会历史进程的不同阶段加以整体考量，运用历史研究方法和比较研究方法，从纵横两条线可以清晰地勾勒出农村合作医疗制度的历史变迁和兴衰之道。农村合作医疗制度的兴盛与衰落、断裂与重构的背后推手是城乡二元社会结构的形成与发展、强化与固化、松动与挑战。当前新型农村合作医疗制度表现出较大的制度性优势，并正在改变我国二元制社会结构、建立和谐社会的进程中发挥着重要的作用。第三，本文认为，在横向区域非均衡发展的现实国情下，我国新型农村合作医疗制度可持续发展必须选择非均衡模式，具体表现在：在经济社会发展水平较高的东部农村地区发展福利-风险型合作医疗模式，在经济社会发展水平居中的中部农村地区发展风险型合作医疗模式，在经济社会发展水平较低的西部农村地区发展福利型合作医疗模式，同时要创新新型农村合作医疗制度可持续发展的筹资机制、补偿机制、监管机制与评价机制。