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研究背景:据世界卫生组织(WHO)公布的最新数据显示,最近在西非肆虐的埃博拉病毒(Ebolavirus,EBOV)已导致826人死亡,从2014年7月28日至7月30日3天内就有超过50人因感染这种病毒而死亡,最新数据似乎表明疫情正在失控。因此,迅速研究针对埃博拉病毒的预防和治疗性疫苗和抗体药物,以及检测试剂盒,成为我国预防和控制埃博拉病毒迫在眉睫的工作。目的:对从此次西非埃博拉爆发地区感染患者分离的病毒株包膜糖蛋白氨基酸序列进行二级结构预测及可能性B细胞表位分析。方法:通过Gene bank搜索近期公布的分离自西非地区的埃博拉病毒株全基因序列,获得包膜糖蛋白GP1、GP2和sGP的基因序列及蛋白编码序列。采用Predict Protein server和Ellipro Prediction在线预测三种包膜糖蛋白的二级结构及可能性B细胞表位,分析蛋白的各种氨基酸组成比例、可能的蛋白结合位点、通过亲/疏水性等参数判断氨基酸序列中可能暴露在蛋白结构表面或隐藏在内部的区段,重点关注可能存在的螺旋结构及跨膜螺旋结构。结果:在GP1、GP2和sGP蛋白的编码氨基酸中,组成占最多比例的均是苏氨酸;GP1和sGP可能的蛋白结合位点较多,且整个蛋白暴露在表面的区域和隐藏区域呈均匀相间分布:GP2结构较前二者特殊,存在3个明显可能产生螺旋结构的区域,以及一个大片段的暴露在蛋白结构表面的无序结构区域;此外sGP中可能存在四个含有二硫键的区域。B细胞表位分析结果显示,GP1和GP2中疏水区域主要集中在第1-325位氨基酸之间:亲水区域主要集中在第326-676位氨基酸之间:亲水与疏水区域分界明显,几乎无交叉;可能存在2个线性表位,分别位于第324-450、461-676区域:预测共存在25个可能形成构象表位的氨基酸位点或序列,其中可能性在90%以上的位点或序列有6组。结论:以蛋白质结构预测作为辅助手段,分析出此次流行于西非的埃博拉病毒包膜糖蛋白的二级结构、亲/疏水性及可能性B细胞表位,为实验确定埃博拉病毒包膜糖蛋白的结构与功能,以及B细胞表位免疫识别,从而为埃博拉病毒预防、治疗和诊断制品研发提供参考。