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藏传佛教寺院历史上是藏医学教育、医疗以及制药的重要场所,青海省许多藏传佛教寺院都内设有藏医院或藏医诊所.随着近些年国家医疗卫生监管和药品管理法规的逐步完善,很多寺院所办藏医医疗机构由于资金短缺、寺院身份的特殊性、以及缺乏和政府相关部门的有效沟通等原因,无法达到医疗卫生行政、药监等部门关于医疗机构的软硬件要求,影响了其医疗行为的合法性.笔者通过调研青海省八所寺院内设医疗机构,结合文献研究等方法,对此类藏医医疗机构存在的问题进行了分析，并从资金投入、机构身份合法、制剂能力、医生行医资格、寺院教育的国家认可等方面提出了相关建议：建议省级医疗行政主管部门在基于对青海省寺院内设藏医门诊进行充分调研的基础上，对于基本符合相关要求的寺院办藏医医院或藏医门诊等医疗机构，应及时颁发医疗机构许可证；建议省食品药品监督管理部门放宽我省各藏医医疗机构自制制剂的调剂政策，同时对提供制剂的医疗机构、进货渠道、药品储藏管理等方面进行严格管理；建议各州市社保部门将基本符合条件的寺院内设藏医医疗机构纳入城乡居民医疗保险机构行列，从医保政策角度对此类机构进行扶持；建议省有关部门在数年内组织一次全省传承形式藏医医师医师资格证的考试和发放，集中解决民间藏医的合法行医资格问题，并逐步规范化；根据我省各藏传佛教寺院藏医学教育的水平和规模，确定几所国家认可的寺院藏医学教育机构，并对其医学教育进行规范管理，并对毕业生颁发国家认可的学历证书。